Podcast Science 81 - Ln - Logiciel libre [ 1:09:46 | 63.88 MB ] Play Now | Play in Popup | Download (1485)Pour une fois, on va parler un peu de la genèse de ce dossier. J’ai eu cette idée de dossier après la fermeture de MegaUpload et de la série d’attaques de déni de service revendiquée par Anonymous. Elle-même s’inscrivait dans un combat sur les lois de protections du droit d’auteur au États-Unis et de la ratification d’un accord international pour lutter contre la contrefaçon du nom d’ACTA. J’avais également en tête d’autres groupes proposant des actions politiques en lien avec ce qu’on pourrait appeler la “culture internet” comme La Quadrature du Net en France ou les Partis Pirates de par le monde.
Me voilà partie à la recherche d’informations scientifiques sur ces mouvements. Je connaissais déjà ce qu’en disaient les journalistes et autres experts mais pas les universitaires. Il faut dire que le noyau de ces groupes est une communauté particulière différente de l’internaute lambda. Du coup, j’ai eu du mal à trouver des sources scientifiques mais j’en avais quelques unes. La plupart expliquait les modes d’organisation de ces mouvements, comment ils se structuraient (ou pas), la structure de leur argumentaires. Souvent, c’étaient des observations assez ponctuelles. Bref, il me manquait un lien entre tout ça, un fil conducteur, le petit truc d’un bon dossier Podcast Science. Au moment où je désespérais de le trouver dans la littérature scientifique, une thèse a été publiée et là tout est devenu simple. Il s’agit de la thèse de Sébastien Broca, disponible librement sur TEL, l’archive ouverte des thèses françaises. Je reviendrai plus tard sur la notion d’archive ouverte. Cette thèse de sociologie s’intéresse à la construction de projets de transformation sociale en lien avec le mouvement du logiciel libre. En effet ces mouvements libertaires (basés sur la notion de liberté de l’individu) proposent un monde en se reposant sur leurs deux plus grands succès: Internet et le logiciel libre. Nous verrons comment doucement on est passé d’une culture partagée par un petit groupe d’universitaires à des réalisations marquées par leurs idéaux et de ces réalisation à une action politique qui modifiera le monde de la recherche.
La culture hacker
Avant d’aller plus loin, il faut revenir aux créateurs d’Internet et du mouvement du logiciel libre. Il s’agit d’universitaires imprégnés de l’idéologie libertaire présente sur les campus américain dans les années 60 et 70 (mouvement des droits civiques, hippie…) Ils se sont auto-nommés hackers (ou bidouilleur en français). Le choix du terme de hacker n’est pas anodin puisqu’il signifie celui qui fait un hack en anglais. Le terme de hack en informatique signifie une solution rapide et bricolée pour contourner un problème. Il ne faut pas le confondre avec le cracker qui est celui qui trouve une faiblesse dans un logiciel ou dans un système. Il peut ou non exploiter cette faiblesse, l’indiquer aux créateurs ou la rendre publique.
Ces valeurs libertaires sont mises en forme à travers différents textes des années 80 proposant un cadre aux programmeurs et surtout aux hackers. L’« éthique hacker » a été codifiée par Steven Levy (journaliste spécialisé dans l’histoire du mouvement hacker) selon les principes suivants :
- Toute information est par nature libre;
- Ne pas se fier à l’autorité, promouvoir la décentralisation;
- Les hackers se jugent par leurs prouesses, non par d’autres hiérarchies sociales;
- Art et beauté peuvent être créés avec un ordinateur;
- Les ordinateurs peuvent changer et améliorer la vie.
La question qu’on peut se poser est de savoir si ces hackers sont de droite ou de gauche. A vrai dire, il existe des hackers de toutes les tendances politiques entre l’extrême gauche à l’extrême droite. Pour bien comprendre, il faut changer la façon de représenter les positions politiques. Classiquement on les représente sur un axe gauche/droite, mais il est possible de classer les opinions politiques selon d’autres axes tels que l’écologie, le rôle de la religion, le commerce extérieur etc… Un politicien américain, Nolan, a ainsi proposé un graphique a deux axes : l’horizontal sur la liberté économique et le vertical sur la liberté individuelle. Ce graphique a été modifié pour être représenté sous la forme d’un cadran ou d’une boussole :
Ainsi les hackers se retrouvent vers le pôle libertaire mais répartis le long de l’axe gauche/droite. On remarquera qu’avec ce genre de représentation, la plupart de nos hommes politiques sont plutôt du côté “autoritaire” de l’axe libertaire/autoritaire. Cette non-appartenance à un parti en particulier a poussé à la création en 2006 d’un Parti Pirate en Suède puis dans d’autres pays (33) qui se regroupent au sein du Parti Pirate International. C’est en Allemagne que le Parti Pirate fait actuellement ses meilleurs scores. Peut-on y voir la politisation ancienne des hackers allemands en particulier via le Chaos Computer Club à Berlin, un espace de partage de ressources informatiques ou hackspace qui à toujours eu une réflexion sociétal?
Les valeurs de la culture hacker vont être importantes dans la construction d’Internet et le fondement des logiciels libres. Ainsi le sociologue des usages numériques Antonio A. Casilli nous explique :
“La spécificité de la culture numérique réside dans l’inséparabilité de ses valeurs politiques et des usages technologiques. L’architecture même du Web actuel représente la mise en place de la décentralisation et de l’autonomie prônées pas ses pionniers. Internet est un réseau de réseaux, une multitude d’ordinateurs qui ne sont reliés à aucun grand serveur central. Malgré les restrictions du trafic des données, les filtres aux contenus et les dispositifs de surveillance imposés constamment par les pouvoirs étatiques, l’effort pour normaliser ce bourdonnement d’informations et d’opinions antagoniques s’avère vain.”
La naissance d’Internet et des logiciels libres et leurs principes de base
Il nous faut bien comprendre ce que sont le logiciel libre, l’Internet et leur morale libertaire. Pour cela rien ne vaut de revenir leurs origines universitaires, maintenant que nous avons vu la culture qui imprègne leurs créateurs.
Si le mythe veut qu’Internet soit né d’une demande de l’armée américaine d’avoir un réseau qui résiste une attaque nucléaire, la réalité est quelque peu différente. Tout commence en 1958 quand la société Bell invente le premier modem qui permet de transférer des données binaires sur une ligne téléphonique. A cette époque, il existe des réseaux d’ordinateurs mais ils sont limités et reposent sur un ordinateur central. En 1961, l’informaticien Leonard Kleinrock du Massachusetts Institute of Technology (MIT) publie une première théorie sur l’utilisation de la commutation de paquets pour transférer des données. Il s’agit de découper les données en plusieurs paquets pour accélérer le transfert. Bien sûr, chaque paquet a un en-tête qui indique le contenu et sa destination. En 1962, J.C.R. Licklider défend avec succès l’idée d’un réseau global d’ordinateurs au sein de l’ARPA, un organisme de recherche de l’armée américaine. Si l’idée d’un réseau informatique résistant à une attaque nucléaire a bien été avancée dans les années 60, l’armée n’a pas retenu cette idée. Elle développe néanmoins un réseau, ARPANET, pour rendre service aux militaires et aux scientifiques. C’est le 29 octobre 1969 qu’a lieu la première connexion via ARPANET entre l’Université de Californie à Los Angeles et le Stanford Research Institut. La connexion fut brève et racontée ainsi par Kleinrock :
“Nous avons appelé au téléphone les gars de SRI. Nous avons tapé L et nous avons demandé au téléphone:
_ Voyez-vous le L?
_ Oui, nous voyons le L.
Nous avons tapé le O et nous avons demandé “Voyez-vous le O?”
_ Oui, nous voyons le O.
Alors nous avons tapé le G et le système a crashé.”
Tandis que 23 ordinateurs sont reliés sur ARPANET en 1972, le premier mail est envoyé. Pendant dix ans, ce sera l’application majeure du réseau. Vers 1975, le protocole IP (Internet Protocol) est développé. C’est l’adresse nécessaire à l’envoi des paquets. En 1979, apparaît le réseau USENET, un réseau de forum toujours actif. Plusieurs autres réseaux se développent et s’interconnectent en 1981 grâce au protocole IP. C’est la naissance d’Internet. En 1988, un système de messagerie instantané est mis en place : l’IRC (Internet Relay Chat) qui est toujours très utilisé par les développeurs et les Anonymous en particulier. Début 1990, Tim Berners-Lee travaillant au CERN propose l’idée d’une architecture permettant de lier et d’accéder à des informations via une interface de navigation et utilisant la technique de l’HyperText (langage HTML et protocole HTTP). Il s’agit du World Wide Web  (WWW) qui se mettra en place l’année suivante.
Dans le même temps, les premiers micro-ordinateurs arrivent sur le marché et avec cette arrivée, le monde du logiciel se trouve chamboulé. Jusque-là , les fabricants vendaient l’ordinateur et “offraient” le logiciel nécessaire à l’acheteur. L’entreprise qui achetait des ordinateurs, avait des informaticiens qui amélioraient au besoin le logiciel. Mais la micro-informatique démocratisait l’ordinateur et multipliait son usage. Des entreprises se créaient pour vendre des logiciels en fournissant une version dite “compilée”. Si on peut assimiler un logiciel à un plat, la version compilée est le plat tout prêt tandis que le code source est la recette. Pour protéger leurs logiciels, ces entreprises affirmèrent leurs droits d’auteurs sur ceux-ci et émirent des licences d’utilisation restreignant les droits des usagers à partager et à modifier les logiciels.
Cela trancha avec les habitudes des programmeurs puisque au début de l’informatique, cette communauté était restreinte et travaillait en collaboration. Bon nombre d’étudiants en informatique des années 1960 et 1970 sont des hackers (ou bidouilleurs). Ils prônent l’autonomie individuelle, le partage et la coopération. C’était en particulier le cas au laboratoire d’intelligence artificielle du MIT où travaillait Richard Stallman. Voyant ses possibilités de travailler à partir de logiciels déjà existants se réduire à zéro, il décida de partager ses propres programmes avec la communauté d’informaticiens. Il voulait créer un système d’exploitation et créer le projet GNU (GNU’s Not UNIX) en 1984. Pour protéger le partage de son travail, il créa une licence (la GNU/GPL – GNU General Public License -) pour garantir 4 libertés fondamentales :
0. la liberté d’exécuter le programme, pour tous les usages;
1. la liberté d’étudier le fonctionnement du programme et de l’adapter à ses besoins;
2. la liberté de redistribuer des copies du programme (ce qui implique la possibilité aussi bien de donner que de vendre des copies);
3. la liberté d’améliorer le programme et de distribuer ces améliorations au public, pour en faire profiter toute la communauté.
Pour pouvoir donner cette liberté à l’utilisateur, il est nécessaire de publier le code-source du logiciel (ou la recette). Le logiciel est alors appelé logiciel libre ou open source. Il se créait alors une petite communauté pour aider Stallman sur son projet. Ce projet resta inutilisable car il manquait un cÅ“ur qui fut codé par un jeune finlandais Linus Torvalds qui nomma son logiciel Linux en 1991. Si Stallman a créé les logiciels libres par idéologie, Linus Torvalds explique son choix de ces licences pour une raison pratique. La coopération technique est très efficace pour améliorer les logiciels. C’est cette position qui permit aux logiciels libres d’exploser dans le monde informatique. On peut affirmer que les licences libres sont des hacks du droit d’auteur.
Même si les licences permettent en général de modifier et même de revendre les logiciels libres, ou des applications basées sur des logiciels libres, le modèle restera gratuit car il se trouvera toujours quelqu’un pour les redistribuer gratuitement. Au lieu de gagner de l’argent sur les licences, les éditeurs de libre font leur chiffre d’affaire sur le développement, les formations, le support et des versions premium (par exemple le business modèle de MySQL). D’ailleurs, il ne faut pas confondre gratuit et libre. Les navigateurs Internet Explorer et Safari par exemple sont gratuits mais ils ne sont pas libres. Idem pour la technologie Flash. Tout le monde peut s’en servir gratuitement mais la technologie reste “propriétaire” et son développement n’est pas collaboratif.
Au niveau d’Internet, ces valeurs libertaires se traduisent essentiellement par le fait que l’information doit être libre, gratuite, de n’être pas soumise à la propriété privée et une certaine méfiance vis-à -vis de pouvoir. C’est dans cette optique qu’est né Wikipédia dont le but est de créer une encyclopédie libre et coopérative au début des années 2000. De même, WikiLeaks se veut être un espace qui diffuse l’information pour faire un contre-pouvoir en publiant et relayant des fuites.
On voit bien à travers cette histoire que les idéaux libertaires présents dans les campus américain des années 60 et 70, en particulier dans certains laboratoires d’informatique ont influencé la naissance d’Internet et des logiciels libres. Le succès de chacun des deux étant lié à l’autre : sans logiciels libres pas de réseau des réseaux (chacun ayant son propre langage) et sans Internet, la possibilité de développer des logiciels de façon communautaire et de les proposer aux plus grand nombre n’est pas faisable.
Du code à la culture libre
Depuis le début des années 2000, pour défendre la possibilité de faire des logiciels libres, les programmeurs se mobilisèrent contre différentes régulations renforçant la protection de la propriété intellectuelle. Les développeurs adoptèrent un discours plus large que leurs intérêts propres : on ne se bat pas pour défendre le logiciel libre mais la liberté d’expression et donc la démocratie (avec une liberté d’expression totale). Dans ces combats, les programmeurs utilisèrent les mêmes méthodes que celles qu’ils utilisaient dans les projets de logiciels libres : discussion démocratique, coopération dans la collecte d’information et diffusion des idées. Ces combats ont aussi donnés naissance à différentes formes d’engagement politique que soit sous forme d’un parti politique (le Parti Pirate), d’associations militantes telle que La Quadrature du Net ou des groupes d’actions plus directes tel qu’Anonymous. Enfin ces combats permirent la rencontre entre les défenseurs des logiciels libres et d’autres militants libertaires.
En 1998, aux États-Unis, le congrès vote le Sonny Bono Copyright Term Extension Act suite au lobbying de Disney qui, sans cette loi, perdait le copyright du personnage de Mickey Mouse. En effet, cette loi étendait le copyright à 70 ans après la mort de l’auteur, à 95 ans après publication ou 120 ans après création pour les copyrights détenus par des entreprises. Devant ce renforcement de la propriété intellectuelle,
[…] plusieurs personnes travaillant sur des projets similaires à contre-courant des idées reçues avec différents degrés d’interconnexion, semblèrent converger vers un mouvement intellectuel commun, centré sur l’importance des biens communs pour la production de l’information et la créativité de manière générale, et pour l’environnement numérique en réseau en particulier»
Explique Yochai Benkler, un professeur de droit s’intéressant à cette question.
Pour résister à cette privatisation, le juriste Lawrence Lessig prit pour modèle le monde du logiciel libre et il créa avec l’aide d’autres juristes les licences Creative Commons pour laisser libre des pans entiers de la culture contemporaine. Il est intéressant que si certaines de ces licences sont libre dans le même sens que celui défini par Stallman, d’autres sont des licences de libre distribution.
Les militants libertaires ont vu dans le logiciel libre une alternative concrète au capitalisme industriel. Ainsi il est possible de créer en coopération ou/et en autogestion des biens ou des services de façon indépendante du marché ou de l’État. Pour le libertaire, cela permet à l’individu de faire ce qui lui plait même s’il ne veut ou ne peut pas le monétiser. Par exemple, Lessig, le créateur des Creatives Commons et Benkler propose l’idée de “biens communs” qui serviraient la communauté et serait en autogestion. Cela soulève deux problèmes : la mise en place de l’autogestion sur de grandes communautés et la réutilisation d’un travail gratuit pour faire de l’argent.
Application de l’idéal du logiciel dans le monde de la recherche scientifique
Si ce mouvement provient du monde universitaire américain, il a un effet boomerang et vient modifier le monde de la recherche et en particulier sur la diffusion de l’information scientifique.
Un petit rappel (ou non) du mode de traditionnel de diffusion du travail scientifique est nécessaire avant de pousser plus loin l’effet de la culture libre sur les Sciences. Quand un scientifique obtient un résultat, il écrit un article qu’il soumet à une revue scientifique. Cette revue fait appel à d’autres scientifiques spécialistes du domaine ou “reviewers” pour vérifier si les résultats semblent corrects et corriger quelques erreurs. Si l’article est de bonne qualité, l’auteur fait les quelques corrections nécessaires indiquées par les reviewer. Ces échanges sont censés être anonymes: les reviewers ne connaissent pas le nom du ou des auteurs qui à leur tour ne connaissent pas leur reviewers. Une fois accepté, l’article peut être publié dans un numéro du journal. Selon les disciplines et les journaux, entre la découverte du résultat et la publication, il peut se passer plusieurs années. Tout ce travail est fourni gratuitement par les universitaires. Seule la publication faite par les éditeurs est monétisée. Ainsi l’abonnement et l’achat d’article à l’unité est payant.
Dès l’apparition du web (1991), des physiciens créèrent une archive (arXiv) de pré-print (version de l’article soumis au journal mais sans les correctifs de reviewers). Cela permettait d’envoyer par e-mail les pré-prints. Cette première archive ouverte mit au jour la possibilité de mettre un article en ligne permettant à tous d’y accéder et de le lire. Cette possibilité est arrivée au même moment où le système traditionnel d’impression papier de revues scientifique était en crise. Si le nombre d’articles augmentait, les abonnements augmentaient plus vite que l’inflation alors que les budgets des bibliothèques universitaires stagnaient. Cela entraîna une diminution de l’accès à l’information alors qu’elle pouvait être facilement accessible. Les bibliothécaires ont alors alerté les chercheurs et l’administration sur cette crise puis ont fait une promotion active de l’Open Access.
La première déclaration de l’accès libre remonte à 2001 et l’Open Access Initiative de Budapest.  Il existe deux façons de rendre un article libre d’accès:  soit l’auteur le dépose dans une archive ouverte ou une page personnelle. L’article y est accessible gratuitement pour tous. Il s’agit de l’auto-archivage ou la voie verte. La plus grande archive française est HAL du CNRS mais les autres grands organismes de recherche en ont souvent une. Sinon, l’auteur publie son article directement dans une revue dite Open Access, c’est-à -dire donnant accès librement aux articles immédiatement. Il s’agit de la voie en or. Certains journaux proposent leurs articles gratuitement après une période dite d’embargo où seuls les abonnés ou les acheteurs peuvent avoir accès aux articles. Cette période est le plus souvent comprise entre 6 mois et 1 an mais peut durer plus longtemps. De même, certains éditeurs refusent aux auteurs d’archiver eux-mêmes un article trop récent.
L’usage de l’Open Access est très variable selon les domaines scientifiques ainsi en physique des particules 100% des publications sont en accès libres (par auto-archivage) alors qu’en chimie, il ne s’agit que de 13% des publications sont en accès libre. Ces variations dépendent de l’habitude et la mentalité propre à chaque discipline. La physique des particules a très tôt utilisé arXiv pour archiver ces publications et elle repose sur de forte collaboration. En chimie, au contraire, une forte compétitivité industrielle peut limiter une diffusion libre de l’information.
Les principaux arguments pour l’accès libre aux articles scientifiques sont l’accès de tous les chercheurs à l’information scientifique en particulier les étudiants et les chercheurs dans les pays en voies de développement dont les institutions ne peuvent pas payer d’abonnement. Mais ce libre accès permet également à la connaissance de quitter la sphère de la recherche pour être accessible à des professionnels tels que des médecins, aux journalistes -en particulier scientifiques-, aux hommes politiques ou aux simples amateurs. Aux USA, cette accessibilité est mise en avant pour la recherche publique dont les résultats doivent être accessibles à celui qui paye – alias le contribuable.
Néanmoins, le libre accès n’est pas sans coût. Pour les archives ouvertes, ce sont de grandes institutions qui payent pour l’hébergement et le support technique nécessaire à leur fonctionnement. Mais pour les journaux en libre accès se posent la question du financement du travail d’éditions. Ils font supporter ce coût non pas aux lecteurs mais à l’auteur. Ce mode de monétisation est critiqué puisque les journaux pourraient être tentés d’accepter tous les articles quelque soit leurs qualités scientifiques. De même ce type de financement oblige les institutions à prévoir un budget pour la publication en plus de ceux pour la recherche en elle-même.
Si logiciel libre propose des alternative intéressante en dehors du libre marché, il soulève d’autres problèmes comme le support des coûts non réductible, l’application des licences libres…
Podcast Science 69 - Les cellules souches [ 1:00:16 | 55.2 MB ] Play Now | Play in Popup | Download (2018)Souvent présentées comme l’avenir de la médecine, les cellules souches sont déjà au cÅ“ur de certaines thérapies. Si elles sont sources d’espoir pour bon nombre de personnes, l’utilisation d’embryons surnuméraires humains pose des questions éthiques. Pour pouvoir répondre à ces questions, il est important de bien comprendre ce que sont les cellules souches, quels sont leurs pouvoirs et leurs limites.
Mais avant d’entrer dans le cÅ“ur du sujet, je vais faire un tour rapide autour de la biologie de la cellule. Je ne parlerai ici que des cellules des êtres pluricellulaires et plus particulièrement des animaux. Bien qu’ayant chacune un rôle bien défini, presque toutes les cellules d’un être vivant contiennent une copie intégrale du génome de cet individu dans leur noyau.
Quelques bases de biologie cellulaire
La division cellulaire
La division cellulaire se passe en deux grandes phases : l’interphase et la mitose. Durant l’interphase, la cellule croît et se prépare à la division qui a lieu durant la mitose. L’interphase est elle-même découpée en plusieurs périodes :
- La première appelée G1 est le moment où la cellule croît et fonctionne selon sa « programmation » (synthèse de protéines, communication avec les cellules environnantes…)
- La deuxième est la phase S; c’est au cours de celle-ci que l’ADN est dupliqué. C’est à ce moment-là que les chromosomes prennent la forme de X dans laquelle on les représente régulièrement. Ils sont en fait composés de 2 chromatides reliées entre elles par le centromère.
- La troisième et dernière phase est la phase G2: la cellule se prépare à se diviser en finissant de croître.
Durant les phases G1 et G2, il existe des points de non-retour enclenchant le passage à la phase suivante. Il existe également une phase de repos G0.  C’est la seule phase durant laquelle la cellule remplit ses fonctions au sein de l’organisme. La plupart de nos cellules sont donc en phase G0.
La régulation du cycle cellulaire est fine et dépendante de nombreux facteurs dont la présence suffisante de nutriments, l’absence de poisons et la présence de facteurs de croissance. Les cellules ont également besoin d’un point d’ancrage. Cela empêche une croissance trop importante de leur nombre.
La mitose est plus courte mais également divisée en 4 phase (prophase, métaphase, anaphase, télophase) durant lesquelles les chromatides s’alignent, se séparent et intègrent un nouveau noyau. De cette façon, chaque cellule fille obtient une copie du génome de l’individu.
Durant la mitose, l’ADN est compacté au maximum, c’est d’ailleurs le seul moment où l’on peut observer les chromosomes. L’ADN est enroulé autour de protéines histones puis enroulé sur lui-même plusieurs fois. A ce niveau de compression, aucun gène n’est exprimé.
Les différents types de cellules (formes, fonctions)
Il existe une grande variété de types de cellules qui diffèrent dans leurs formes et leurs fonctions. Ainsi les neurones présentent des ramifications (axones) qui peuvent être très longues (quasiment la taille de l’individu pour les cellules des nerfs des pieds), tandis que les cellules adipeuses sont rondes et composées en grande partie d’une gouttelette de graisse. La forme d’une cellule est dépendante de sa fonction.
Selon sa fonction, chaque cellule exprimera les gènes nécessaires à son fonctionnement et à sa fonction : protéines liées à la production d’énergie, protéines permettant la production d’hormones pour les cellules endocrines, production de neurotransmetteurs par les neurones…
Les différents types de cellules sont plus ou moins capables de se diviser. Ainsi les cellules épithéliales (de la peau, de la paroi intestinale) se divisent fréquemment. Les cellules hépatiques sont capables de se diviser mais ne le font qu’en cas de nécessité, en particulier de lésion. Les cellules les plus spécialisées telles que les neurones, les fibres musculaires sont incapable de se diviser.
Au niveau du noyau, la différenciation implique une condensation des zones de l’ADN inutiles à la cellule et une décondensation des zones nécessaires à son bon fonctionnement. On observe également chez les vertébrés, une forte méthylation de zone de l’ADN (ajout d’un groupement CH3) pour inactiver les gènes.
La mort cellulaire et les télomères
Contrairement aux bactéries, les eucaryotes ont des chromosomes non-circulaires. À leurs extrémités, on trouve les télomères. Il s’agit de zones hautement répétitives dont l’un des brins est  plus long que l’autre et se replie sur lui-même. Cela indique la fin normale du chromosome et évite à la cellule de vouloir réparer l’ADN en le collant à un autre chromosome. Les télomères renforcent également l’extrémité de la molécule d’ADN empêchant les deux brins de se détacher.
Mais, l’ADN polymérase (l’enzyme dupliquant l’ADN) est incapable de copier l’ADN jusqu’au bout. Ainsi à chaque mitose, les télomères se raccourcissent. Cependant, il existe une enzyme qui permet de synthétiser de l’ADN télomérique : la télomérase. Cette enzyme est présente et active dans les cellules germinales et les cellules cancéreuses. Sa faible activité dans les autres cellules les limite à une quarantaine de divisions. Une cellule sans télomère n’est pas viable et se suicide.
En effet, les cellules peuvent se suicider. Cette capacité est importante chez un être multicellulaire car cela permet une régulation de la population de cellules et une destruction des cellules « défectueuses ». Cette mort programmée ou apoptose se met en place lors d’atteintes graves du génome ou lors de la réception d’un message externe à la cellule. Lors de l’apoptose, la cellule se désagrège après avoir coupé son ADN en morceaux. Elle attire à elle les phagocytes qui absorberont ses restes.
Les cellules cancéreuses
Les seules cellules qui ne peuvent pas entrer en apoptose sont les cellules cancéreuses. Lorsqu’on étudie leur génome, on observe de très fortes modifications génétiques (mutations, translocations – déplacement d’un fragment de chromosomes sur un autre) qui vont inactiver les systèmes de réparation de l’ADN et activer les systèmes de prolifération cellulaire. Les cellules cancéreuses vont alors se diviser rapidement et envahir le corps du malade, empêchant les organes vitaux de fonctionner. Cela entraîne la mort de la personne. Tant qu’elles ont des nutriments, les cellules cancéreuses sont immortelles: elles se divisent à l’infini. Caractéristique qu’elles ont en commun avec les cellules souches.
Les cellules souches
Les différentes cellules souches
Une cellule souche est une cellule capable de se diviser à l’identique et de se différencier en plusieurs types de cellules. Il existe plusieurs types de cellules souches qui ne peuvent pas (ou plus) se différencier en certains types cellulaires.
- Les cellules souches totipotentes : de toti « tout » et poti « pouvoir ». Il s’agit des cellules permettant le développement d’un individu complet (embryon et annexes embryonnaires – placenta, cordon ombilical). Il s’agit chez l’homme de la cellule-Å“uf jusqu’au stade morula (2 à 8 cellules). C’est uniquement à ce stade que sont possibles le clonage reproductif  (cas des vrai jumeaux) ou l’absorption d’embryon (c’est ce qu’on a vu avec les singes chimères dans l’actualité scientifique de la semaine dernière).
- Les cellules souches pluripotentes : ce sont toujours des cellules embryonnaires mais elles ne peuvent pas créer les annexes embryonnaires et donc un individu complet in-vivo. Elles proviennent de la masse cellulaire interne du blastocyste (40 cellules max.)
- Les cellules souches multipotentes : on les trouve chez l’embryon et chez l’adulte. Ces cellules ont commencé à se différencier, elles ne peuvent donner que certains types de cellules. Ce sont des cellules déterminées. Par exemple, les cellules hématopoïétiques donnent les globules rouges, les plaquettes, les lymphocytes et les macrophages. On retrouve ces cellules dans la moelle [update]
épinièreosseuse[/update] et dans le sang de cordon. - Les cellules souches unipotentes : Elles ne donnent qu’un seul type de cellule mais elles s’auto-renouvellent. C’est le cas des cellules épithéliales (peau, intestins), du foie ou des testicules. Elles permettent en particulier une régénération lors d’une lésion. A l’opposé, le cÅ“ur ou le pancréas ne referment pas de cellules souches. Il leur est impossible de se régénérer.
- Les cellules souches induites (iPES) : Ce sont des cellules souches pluripotentes obtenues à partir de cellules différenciées. Cette dédifférenciation se fait par l’injection de 4 gènes via un vecteur viral. La technique a été mise en place par le Pr Shinya Yamanaka en 2007. Avec 2 gènes de plus, Jean-Marc Lemaitre et son équipe ont réussi en novembre dernier à rajeunir une cellule sénescente de la peau à revenir des cellules souches pluripotentes. L’intérêt de cette technique est d’obtenir des cellules souches équivalentes à des cellules souches embryonnaires sans détruire un embryon et ayant le même génome que le patient.
Possibilité de recherche et thérapeutique et les problèmes
L’intérêt thérapeutique principal des cellules souches est de créer des organes ou des tissus à partir d’une cellule. Ces organes pourraient alors être transplantés chez un patient sans avoir recours à un donneur d’organes. Ce genre de régénération est déjà à la base de culture de peau dans le cas des grands brûlés ou la greffe de moelle osseuse dans des cas de maladie du sang. Dans le premier cas, des cellules de la peau du patient sont mises en culture pour favoriser leurs divisions et ainsi créer plus rapidement des tissus pour aider la cicatrisation. Pour la greffe de moelle osseuse, l’idée est d’implanter des cellules hématopoïétiques saines qui permettraient la production de cellules sanguines saines par l’organisme du malade. De plus, dans le cas des cellules souches induites, les organes ainsi obtenus seraient totalement compatibles et cela éviterait le rejet de la greffe.
Il serait également possible de faire de la toxicologie prédictive. L’idée est de tester la toxicité des certaines molécules sur des lignées cellulaires in vitro mais également l’efficacité et l’innocuité des molécules thérapeutiques. L’idée est d’ainsi limiter les tests sur les animaux.
Les cellules souches embryonnaires permettent de mieux connaître le développement humain, en particulier le développement de certaines maladies génétiques, et de trouver des molécules capables de restaurer un développement normal. De plus en comprenant mieux les mécanismes liés au renouvellement des cellules souches, les chercheurs pourraient mieux comprendre les mécanismes moléculaires à l’origine des tumeurs.
Mais récemment les espoirs thérapeutiques des cellules souches ont été mis à mal. Tout d’abord par trois articles publiés en mars dernier dans Nature regroupés sous le titre de “Cellules souches : la face sombre”. Les cellules souches induites pourraient induire des cancers. En effet, la reprogrammation cellulaire induirait un risque plus élevé que la normale de créer des cellules cancéreuses. Cette technique entraineraît des anomalies génétiques multiples. L’intérêt thérapeutique de ces cellules se retrouve ainsi réduit.
Une mauvaise nouvelle n’arrivant jamais seule, le 14 novembre 2011, le laboratoire Geron annonçait l’arrêt de ses essais cliniques sur l’utilisation de cellules souches embryonnaires pour soigner des personnes ayant eu un traumatisme au niveau de la moelle épinière. Si les raisons évoquées sont de l’ordre financier, certains penchent pour un manque de résultats.
Cela démontre que la thérapie cellulaire n’est pas pour tout de suite et qu’on connaît encore mal tous les processus de régulation de la prolifération et de la différenciation cellulaire. Si théoriquement ces cellules peuvent guérir de nombreuses maladies et traumatismes, leur usage est encore réduit à quelques types de traitements.
Restent de nombreuses questions éthiques importantes liées à l’utilisation de cellules souches en particulier embryonnaires. C’est pour cela qu’il est important d’évaluer les potentiels et les risques de ces recherches et de ces thérapies. D’autant plus que les cadres de ces recherches ne sont pas uniquement fixés par les financements mais également par les lois telles que la loi bioéthique régulièrement révisée. Il est important que ces questions soient débattues par la société pour éviter une impression de savants fous.
Sources :
Pour les bases :
- Campbell, 1995. Biologie Ed DeBoek Université
- Weil, 2001. Biochimie générale 9e édition Ed Dunod
Sur les cellules souches :
- Dossier sur le site généthique. Créé par la Fondation Jérôme Lejeune sous la direction de Jean-Marie Le Méné, président de la Fondation Jérôme Lejeune, avec le concours de nombreux généticiens, médecins, biologistes, philosophes, juristes et groupes de travail universitaires.
- Dossier de l’Inserm
- Dossier Futura-science par Axel Kahn
Et en anglais :
- Site dédié aux cellules souches du ministère de la santé américain
- Site de la société internationale de recherche sur les cellules souches
Podcast Science 64 - Les maladies pouvant expliquer le mythe du vampire [ 56:44 | 51.95 MB ] Play Now | Play in Popup | Download (2007)Le mythe du vampire se retrouve dans le monde entier.  Le vampire est un mort qui se nourrit de sang. Dans notre conception occidentale, il est donc pâle et possède des canines plus pointues que la normale. Il se protège du soleil en retournant dormir dans son cercueil. Il serait repoussé par l’ail, les crucifix et on le tuerait d’un pieu dans le corps.
Le mythe arrive des Balkans en Europe occidentale au XVIIIe siècle. A cette époque, des accusations de vampirisme furent étudiées par les autorités autrichiennes dans les Balkans récemment reconquis au Turcs. Cela enthousiasma les intellectuels européens d’étudier un mythe à l’époque des Lumières.
Les mythes étant un récit cherchant à expliquer des phénomènes naturels ou des coutumes, on a eu de cesse de chercher des explications aux vampires. Il est fort probable qu’il s’agisse de plusieurs phénomènes mal compris.
Parmi ceux-ci, il y a la mauvaise décomposition des corps. En temps d’épidémie, il n’était pas rare de rouvrir des fosses communes ou, en temps normal, de rouvrir des tombes quand on soupçonnait quelqu’un d’être un vampire. Il était alors donné à voir des corps en décomposition et dans certains cas des corps non-décomposé. Les cadavres peu décomposés ont un tient rosé, sont gonflé par les gaz dû à la décomposition interne (par les bactéries de notre estomac) ce qui donne une impression de vie. La peau se contracte ce qui donne alors l’impression que les ongles et les cheveux continuent de pousser et que les dents sont plus proéminentes. Quand on perce le corps avec un pieu, le gaz s’échappe donnant l’impression d’un râle et d’un affaissement du corps. On retrouve ce genre de décomposition très lente dans des terres avec de fortes teneurs en arsenic où les décompositeurs ne peuvent pas vivre ou dans les terres très froides.
Des meurtriers particulièrement sadiques ont également alimenté le mythe. Deux de ces tueurs sont particulièrement lié au mythe du vampire.
Vald Tepes (ou l’Empaleur) le véritable Dracula était un prince roumain qui vécut au XIVe siècle. Après avoir été emprisonné par les turc durant son enfance, il se battit contre ces derniers et ne se gênait pas pour empaler ces ennemis défaits qu’ils soient militaires ou civils. Sa légende, surement amplifiée à des fins politiques, est celle d’un vampire et a servi de base à Bram Stoker pour écrire son Dracula.
Le deuxième cas est l’aristocrate hongroise Elisabeth Bathory dont la légende populaire dit qu’elle se baignait dans le sang de vierges pour rester éternellement jeune. Elle a réellement torturée et tuée entre 35 et 650 jeunes filles et fut emmurée vivante. Sa fascination pour le sang est avérée et elle était probablement mentalement instable dû à la consanguinité de ses parents.
Si aujourd’hui on les désignerait sous le terme tueur en série, à l’époque on “expliquait” ces agissements par le surnaturel et si les crimes étaient particulièrement sanglants, on utilisait le terme de vampire. D’ailleurs des tueurs en série plus récent ont été surnommé vampire par les médias.
Certains médecins ont fait le parallèle entre les signes caractéristiques des vampires et des symptômes de certaines maladies.
Les porphyries
En 1985, le biochimiste David Dolphin a émis l’hypothèse d’un lien les porphyries entre et les mythes des vampires et des loup-garous. Il s’agit de maladies génétiques rares ou dues à une intoxication aux métaux lourds. Dans ce dernier cas, elle est réversible si l’intoxication n’a pas eu lieu au stade fÅ“tal ou dans les premières années de vie. Elles entrainent une accumulation de molécules précurseurs de l’hème (porphyrines). L’hème est la partie non-protéique de l’hémoglobine. Cette partie est celle qui s’attache au fer qui transporte l’oxygène en s’oxydant. 4 molécules d’hèmes se combinent avec 4 protéines dites globules pour former l’hémoglobine constituant des globules rouges.
L’hème est fabriqué par l’organisme à partir de deux molécules. L’une venant du cycle de Krebs qui transforme le sucre en énergie (succinyl-CoA) et l’autre est un acide aminé (glycine). Ces deux molécules sont transformées par une série de protéines en hèmes. Toutes les protéines sont codées par des gènes et une mutation peut rendre l’une d’elles inefficace et donc empêcher la formation d’hème. Selon la protéine touchée, on précisera le type de porphyries. Les molécules précurseur de l’hème s’accumulent alors dans l’organisme entrainant divers symptômes. Parmi eux, il y a des cas de destruction de la peau lors d’exposition au soleil obligeant les malades à éviter la lumière du jour, une coloration rougeâtre des dents et des ongles (les molécules sont des pigments violet-rouge), une nécrose de la gencive faisant anormalement ressortir les dents, une croissance rapide des cheveux. Certains malades sont allergiques à l’allicine qui se trouve principalement dans l’ail. Bref de quoi rappeler les descriptions légendaires des vampires.
Il est possible de soulager les malades avec des transfusions sanguines. Certains pensent qu’avant la mise en place de cette pratique, les malades auraient pu boire du sang mais cette idée semble peu probable car l’hémoglobine est dégradée lors de la digestion.
Pour certains spécialistes, il est plus probable que les auteurs de la fin du XVIIIe et du XIXe eu connaissance de cette maladie et s’en soit inspiré pour créer leurs vampires. En effet, cette maladie devait être assez répandue dans l’aristocratie. On pense ainsi que Mary, reine d’Ecosse, son descendant George III d’Angleterre, ainsi que d’autres membres de cette famille furent atteint par cette maladie. Cette hypothèse se base sur les rapports médicaux et des tests sur des descendantes de cette famille.
Cette maladie reste trop rare pour être à elle seule pour expliquer le mythe des vampires mais certains malades ont dû être exclus de leur communauté et probablement suspecté de vampirisme.
La tuberculose pulmonaire
La tuberculose pulmonaire est une des maladies souvent proposée pour expliquer les vampires. La tuberculose est due à une mycobactérie appelée couramment bacille de Koch ou de son nom savant Mycobacterium tuberculosis. La forme la plus connue et la plus répandue est la forme pulmonaire mais il existe également des formes osseuses, ganglionnaires, rénales, cutanés… C’est une maladie fortement contagieuse car les bactéries sont transmises par l’air (comme le rhume) et qu’elles sont très résistantes dans l’air. Elle est soignée à partir du XIXe siècle dans les sanatoriums puis à partir des années 1950 par les antibiotiques. Il faut noter qu’une primo-infection est le plus souvent latente quand le “malade” est en bonne santé et vie dans de bonne condition (80 à 95 % des personnes). Même si elle est devenue rare dans nos pays, elle reste importante dans les pays du tiers monde où elle fait des ravages chez les malades du SIDA. Elle tue tous les ans 2 millions de personnes.
Les symptômes de la forme pulmonaire sont d’abord un amaigrissement et une perte d’appétit, une langueur, une faible fièvre durant plusieurs mois et surtout une toux accompagnée parfois de crachat de sang. Du coup, certains malades compensaient la perte de sang en en consommant. Les tuberculeux ont également les yeux rouges ou jaunes ce qui créaient une sensibilité à la lumière. On retrouve bien les symptômes d’un vampire : la pâleur, du sang à la bouche (voir de la consommation de sang), la fatigue et l’évitement de la lumière du soleil.
De plus, du fait de la grande contagion de cette maladie, il n’était pas rare qu’une famille entière en meure. La croyance était alors que le premier mort était un vampire qui revenait chercher les autres membres de sa famille. Ce fut le cas Mercy Brown au XIXe siècle en Nouvelle-Angleterre. Elle a 19 ans quand elle meure de la tuberculose comme sa mère et sa sÅ“ur aînée peu de temps avant elle. Deux mois après sa mort, son frère tombe malade. Le père, se demandant si ce n’était pas dû à un vampire, fait exhumer les corps. Le corps de la mère et de la sÅ“ur aînée s’était normalement décomposé mais le corps de Mercy a été bien conservé par le sol presque gelé. Du coup Mercy fut accusé d’être le vampire. Son cÅ“ur fut arraché, son corps brûlé et on donna à boire à son frère une mixture préparer à partir de ses cendres et de son cÅ“ur pour le protéger. Bien sûr ça ne servit à rien et il mourût quelques semaines plus tard.
La rage
La dernière maladie proposée pour expliquer le mythe est la rage. Cette théorie repose sur les anciennes légendes européennes qui font – au moyen-âge – pas ou peu la différence entre loup-garou et vampire. Cette ressemblance viendrait des symptômes de la rage. La rage se transmet par morsure ou léchage ce qui correspond au mode de transformation tant chez les vampires que chez les loups-garous. A noter que le loup et la chauve-souris, les deux animaux liés à ces êtres surnaturels, peuvent être vecteurs de cette maladie. En effet contrairement à la bactérie de la tuberculose, le virus de la rage ne survie pas à l’air libre.
La maladie est due à un virus à ARN du type Lyssavirus qui se propage dans le système nerveux et gagne le cerveau via les nerfs. C’en suit une période d’incubation qui dure entre quelques jours et quelques mois. Ensuite, les malades développent les symptômes qui aboutissent toujours au décès entre 2 à 10 jours. Les premiers symptômes sont une fièvre et la blessure qui reste douloureuse. Il existe alors deux formes, la plus célèbre est la forme furieuse et représente environ 70% des cas, les malades deviennent alors anxieux, confus, agités voir agressifs. Des hallucinations apparaissent ainsi qu’une hydrophobie (peur de l’eau). La deuxième forme est “paralytique” où le patient est progressivement paralysé à partir de la blessure. Cette forme a une progression plus lente.
Il est néanmoins possible de soigner la maladie en la traitant avant l’apparition des symptômes. Il suffit de bien nettoyer la plaie au savon puis il est recommandé de suivre un traitement à base d’antibiotique et de se faire vacciner. Le traitement est complété avec des injections de sérum, c’est-à -dire d’anticorps contre la rage. L’effet curatif du vaccin en a fait son succès dès sa découverte par Louis Pasteur.
Par la vaccination des humains puis des animaux vecteurs, il a été possible d’éradiquer la rage en France métropolitaine et en Suisse (et dans la plupart des pays l’Europe de l’ouest en général). La maladie reste présente dans de nombreux pays et fait plus de 55 000 morts chaque année. La plupart des cas ont été transmis par les chiens (99%) et 15 millions de personne reçoivent les traitements en prévention.
Le lien entre le mythe du vampire a été proposé par le neurologiste espagnol Juan Gómez-Alonso. Il a découvert que 25% des hommes infectés avait tendance à mordre les autres. Il décrit également la peur des vampires pour l’ail et la lumière pouvait être expliquée par une hypersensibilité. La vie nocturne et l’appétit sexuel proviendrait des trouble du sommeil induit par la maladie. Enfin il explique qu’une des façons traditionnelles de savoir si une personne est porteuse de la rage est qu’elle ne puisse pas se regarder dans un miroir. De là à ne pas avoir de reflet, il n’y a qu’un pas.
Conclusion
D’autres maladies sont parfois citées pour expliquer le mythe du vampire comme les épidémies de peste bubonique dans sa forme pneumonique, le lupus erythematosus,  la catalepsie ou le xeroderma pigmentosum…
Si aucune de ces maladies ne fait l’unanimité pour expliquer le mythe du vampire, c’est qu’il est construit sur des croyances et des récits divers. Psychologues et sociologues se sont également emparé du mythe pour y trouver une raison : peur de la mort, opposition du bien et du mal, le désir sexuel…
Le vrai pouvoir surnaturel du vampire est sa capacité d’adapter son mythe au monde qui l’entour. Si le mythe pouvait être explicatif devant certains phénomènes et maladies depuis la nuit des temps, il a réussi à survivre aux explications rationnelles en entrant dans le domaine de la littérature.
Derniers commentaires