Nous avons posé ces questions que plus personne n’ose poser. Pourquoi ce domaine – plus que d’autres – est-il sujet à des attaques permanentes et à des récupérations de toutes sortes? Et d’abord, qu’est-ce que l’évolution? Est-une science?
Discussion de haute tenue avec Pierre Kerner - chercheur en génétique évolutive, maître de conférences en biologie des organismes à Paris VII et auteur de l’excellent blog Strange Stuff and Funky Things - et pour poser des questions: Xochipilli, auteur de l’excellent blog Le Webinet des Curiosités.
Et toutes nos excuses si vous trouvez l’épisode trop long…Nous avons allègrement fait exploser lecompteur!
Le dossier de la semaine
» Les notes de Pierre (bientôt disponibles)
Les dessins de Nicotupe
Les quotes de la semaine
The love for all living creatures is the most noble attribute of man.”― Charles Darwin
(Pierre) : ‘Nobody’s perfect’ – Billy Wilder
Prochaine émission
Jeudi 2 mai 2013, Nico
Hedy Lamarr est une femme au destin étonnant. On se plaint souvent de ne pas entendre assez parler de femmes scientifiques, en voila une! D’abord considérée comme “la plus belle femme du monde” et connue pour être la première femme à s’être montrée nue sur le grand écran, elle a aussi participé à l’invention d’une des technologies les plus utilisées aujourd’hui! Ce jeudi, nous retracerons la vie de ce personnage hors du commun et de ses inventions.
La chatroom
(À l’heure irlandaise)
[18:43] == Xilrian [webchat@79.140.208.62] has joined #podcastscience
[19:03] == Axone [~Axone@APuteaux-154-1-62-214.w86-195.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[19:07] == Alan_ [~al2ps@85.218.109.18] has joined #podcastscience
[19:10] <@Xilrian> Hello
[19:10] <@Xilrian> Axone:
[19:11] <@Xilrian> tu nous entend ?
[19:11] == Erik_ [webchat@pub22-104.mobius.fr] has joined #podcastscience
[19:11] == Xilrian2 [webchat@79.140.208.62] has joined #podcastscience
[19:12] <Erik_> on vous entend je confirme
[19:15] == Bebert_ [webchat@mou03-2-88-179-245-49.fbx.proxad.net] has joined #podcastscience
[19:16] <Bebert_> Nikel 
[19:17] == Xilrian2 [webchat@79.140.208.62] has quit [Ping timeout]
[19:18] == Erik_ [webchat@pub22-104.mobius.fr] has quit [Ping timeout]
[19:19] == Beetho [webchat@AOrleans-257-1-47-225.w90-19.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[19:20] == Yannick [webchat@AStrasbourg-551-1-47-137.w92-148.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[19:25] == Yannick [webchat@AStrasbourg-551-1-47-137.w92-148.abo.wanadoo.fr] has quit [Quit: Page closed]
[19:28] == Aeterna [webchat@cou93-1-89-80-251-218.dsl.sta.abo.bbox.fr] has joined #podcastscience
[19:28] <Aeterna> Bonjour a tous
[19:28] <Alan_> Salut tout le monde
[19:28] <@Xilrian> Bonjour
[19:28] <Beetho> kioukiou
[19:28] <@Xilrian> on a un peu de retard mais on ne va pas tarder
[19:29] <Alan_> c’est de la faute à Tupe 
[19:30] <Axone> Bonsoir
[19:30] == NicoTupe [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-43.net.univ-paris-diderot.fr] has joined #podcastscience
[19:31] <Axone> C’est très bien le retard, j’en connais une qui se grouille de rentrer du boulot pour vous écouter en live
[19:32] <Alan_> 
[19:32] <Aeterna> Et pis bon, même quand vous ête l’heure ya des bug qui provoquent des retards donc …
[19:32] <Aeterna> Autant assumer et commencer en retard
[19:33] <NicoTupe> saluuut la chatroom
[19:33] <NicoTupe> le retard est totalement de ma faute
[19:33] <NicoTupe> j’assume la responsabilité de mes actes
[19:33] <Axone> Haha
[19:33] <Axone> On a un fouet quelque part dans la chatroom ?
[19:34] <Aeterna> Schlack
[19:34] <Aeterna> mzi j’ai que l’onomatopé
[19:34] == svwn [webchat@cust-150-58-109-94.dyn.as47377.net] has joined #podcastscience
[19:35] <Alan_> on a pas commencé, hein
[19:35] <Alan_> malgré les apparences…
[19:35] == Bebert_ [webchat@mou03-2-88-179-245-49.fbx.proxad.net] has quit [Quit: Page closed]
[19:35] <NicoTupe> c’est ca
[19:35] <NicoTupe> on a pas du tout commencé
[19:35] <NicoTupe> la on papote tranquiles
[19:35] <Axone> ouf
[19:35] <NicoTupe> apès on passe aux choses sérieuses
[19:36] <NicoTupe> pour une fois c’est moi qui vais avoir besoin d’aspirine
[19:36] <Alan_> tiens tupe, vous ici?
[19:36] == lambda [webchat@75-54-190-109.dsl.ovh.fr] has joined #podcastscience
[19:37] == prof_von [~alanvonla@85.218.109.18] has joined #podcastscience
[19:37] <Axone> On a un écho
[19:37] <NicoTupe> bonjour Alan_
[19:37] <Axone> Ah, non, c’est moi, scuzez
[19:37] <NicoTupe> j’aime beaucoup tes podcast alan
[19:38] == Ant_ [webchat@ARennes-655-1-111-40.w81-53.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[19:38] == Beetho_ [webchat@AOrleans-257-1-47-225.w90-19.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[19:40] == Beetho [webchat@AOrleans-257-1-47-225.w90-19.abo.wanadoo.fr] has quit [Ping timeout]
[19:41] == peremptoire [webchat@ARennes-652-1-202-27.w2-13.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[19:42] <peremptoire> Bonsoir
[19:42] <NicoTupe> bonsoir
[19:42] == Ant_ [webchat@ARennes-655-1-111-40.w81-53.abo.wanadoo.fr] has quit [Quit: Page closed]
[19:42] <Axone> Douze me dit par sms qu’elle se connecte avec un pseudo en nombre romain pour vous faire galérer, si vous ne commencez pas en retard pour elle
[19:42] == Ant_ [webchat@ARennes-655-1-111-40.w81-53.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[19:43] <Axone> un truc du genre MLXIIV
[19:43] <Ant_> bonsoir à vous
[19:43] == Taupo [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-46.net.univ-paris-diderot.fr] has joined #podcastscience
[19:43] <Axone> Ouais mais non, commencez pas en retard pour elle hein
[19:47] == tolaria [webchat@245.150-242-81.adsl-dyn.isp.belgacom.be] has joined #podcastscience
[19:50] <Alan_> c’est moi ou personne ne dit rien dans la chatroom?
[19:51] <Axone> On écoute passionnément
[19:51] <Alan_>
[19:53] == tolaria_ [webchat@91.180.218.163] has joined #podcastscience
[19:53] == tolaria [webchat@245.150-242-81.adsl-dyn.isp.belgacom.be] has quit [Ping timeout]
[19:53] <Aeterna> très passionément, la bio c’est mon dada
[19:53] == Xochipilli [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-43.net.univ-paris-diderot.fr] has joined #podcastscience
[19:56] == Gibie [webchat@AVelizy-753-1-10-246.w90-62.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[19:58] <Alan_>
[19:59] == tolaria_ [webchat@91.180.218.163] has quit [Ping timeout]
[19:59] <peremptoire> je crois que suis trop fatigué pour comprendre ce soir
[19:59] <Alan_> oh 
[19:59] == Xochipilli [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-43.net.univ-paris-diderot.fr] has quit [Ping timeout]
[20:01] == Xpchipilli [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-40.net.univ-paris-diderot.fr] has joined #podcastscience
[20:01] == XIV [~XIV@21.202.71.86.rev.sfr.net] has joined #podcastscience
[20:01] <XIV> Bonsoir
[20:01] <Alan_> oh! douse! welcome
[20:02] <Alan_> douze je veux dire
[20:02] <Alan_> ou treize, c’est selon
[20:02] <XIV> Je vous deteste !
[20:03] <Alan_> bon, quinze alors
[20:04] <XIV> “douse” mais quel fail !
[20:05] <Alan_>
[20:05] <Alan_> j’avoue
[20:05] == MrNause [webchat@ANantes-257-1-52-80.w90-25.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[20:05] <MrNause> bonsoir !
[20:05] <Alan_> ça m’a surpris moi-même
[20:05] <Alan_> salut Nause!
[20:05] == Gibie [webchat@AVelizy-753-1-10-246.w90-62.abo.wanadoo.fr] has quit [Ping timeout]
[20:06] <XIV> un peu comme le northern inuit dog
[20:06] <MrNause> toujours le même probleme de son
[20:06] <Alan_> sérieux?
[20:06] <MrNause> mais il y a du mieux
[20:06] <Axone> pas ici
[20:06] <Alan_> chez les autres aussi?
[20:06] <MrNause> c est moins saccadé
[20:06] <Alan_> pfiou
[20:07] == Xpchipilli [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-40.net.univ-paris-diderot.fr] has quit [Ping timeout]
[20:07] <MrNause> si je passe sur un autre onglet c nikel
[20:07] <MrNause> mais pas pratique pour le tchat
[20:07] <Axone> Sinon tu peux prendre les MP3 ou M3U
[20:08] == peremptoire [webchat@ARennes-652-1-202-27.w2-13.abo.wanadoo.fr] has quit [Ping timeout]
[20:08] <MrNause> yo beetho
[20:09] == Xpchipilli [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-45.net.univ-paris-diderot.fr] has joined #podcastscience
[20:10] == Ant_ [webchat@ARennes-655-1-111-40.w81-53.abo.wanadoo.fr] has quit [Ping timeout]
[20:11] <XIV> c’est moche
[20:11] <MrNause> les individus les plus faibles avaient parfois une stratégie plus subtile de survie que la loi du plus fort…
[20:11] <XIV> Oh !
[20:11] <XIV> j’ai fait un exposé sur Malthus !
[20:13] <MrNause> il s est surtout basé sur l’évolution des becs des oiseaux moqueurs
[20:14] <MrNause> sauf erreur il s agissait de pinsons
[20:15] <MrNause> http://www.hominides.com/data/images/illus/darwin-pinsons1.jpg
[20:15] == Persephone [Louise@Aeterna.users.quakenet.org] has joined #podcastscience
[20:16] == Persephone [Louise@Aeterna.users.quakenet.org] has left #podcastscience []
[20:16] <MrNause> http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/dosevol/imgArt/images/Chap5/veuille/teteOiseau.jpg
[20:17] <XIV> Aha
[20:17] <XIV> donc je me fais refaire mes seins, ma fille aura des beau seins aussi
[20:17] <MrNause> non
[20:18] <MrNause> l adn est externe aux interventions
[20:19] <MrNause> même si tu te fais refaire la face parce que t as une salle tête ta progéniture héritera de tes genes pas de ton intervention
[20:19] <@Xilrian> XIV: Lyssenko n’as pas été loins d’essayer
[20:19] <XIV> oui, MrNause
[20:19] <XIV> mais selon la loi qu’il énonçait, ce serait vrai
[20:20] <@Xilrian> Je pense tout de même que c’est plus l’idée que si tu fais du sport tu auras des enfants plus fort :p
[20:20] <MrNause> ça c est plus crédible
[20:20] <@Xilrian> c’est tout aussi faux
[20:20] <MrNause> c est lié à l hygiene de vie
[20:20] <MrNause> et ça interfère sur ton code génétique
[20:21] <MrNause> je sais pas je suis pas scientifique
[20:22] <MrNause> une génération d ouvrier donnera t elle naissance à une génération d enfants plus trappus et plus résistants à l effort physique?
[20:22] <MrNause> j ai pas la réponse
[20:23] <lambda> Non a moins qu’on tue seux qui son pas fort et trappu (:
[20:23] <lambda> Et qu’on les fasse se reproduire assez longtemps
[20:23] <MrNause> donc séléction interventionniste
[20:23] <XIV> C’est pas si vrai,
[20:24] == ant_ [webchat@ARennes-655-1-111-40.w81-53.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[20:24] <XIV> le fait que des caractères apparaissent parce que l’organisme en a besoin, c’est plus simple à comprendre que des caractère apparaissent spontanément et subsistent par repreduction
[20:25] <MrNause> la question est: est ce que le mode de vie peut il intervenir sur le code génétique ?
[20:25] <XIV> ça dépends
[20:25] <MrNause> si je casse des pierres avec les dents, mes enfants auront ils des dents plus solides
[20:25] <XIV> si tu passe ta vie à faire faire des radios au gens, éventuellement peut être
[20:26] <XIV> clairement non MrNause
[20:26] <MrNause> oui je sais c est con comme question
[20:26] <MrNause> mais ça résume
[20:26] <lambda> Non le code génétique n’est pas sensé changer à l’interieur d’un individu
[20:26] <Axone> Sur beaucoup de génération, ça a un impact, non ?
[20:26] <MrNause> bha oui ça me semble logique
[20:26] <MrNause> mais alors l adaptation c est quoi?
[20:26] <XIV> MrNause un coup de bol
[20:26] <lambda> Mais notre environement peux agier sur l’expression de notre génome, cf épigénétique
[20:27] <ant_> y a t_il
[20:27] <XIV> Ah, j’ai pas suivi !
[20:27] <XIV> t
[20:27] <MrNause> et la véracitéde la forme du bec des pinsons c est crédible ou pas §?
[20:29] <Axone> On a des pistes de nouveaux paradigmes, de théories qui s’apparenteraient à la relativité par rapport au classique ?
[20:29] <lambda> En science on ne croit pas
[20:29] <ant_> D’après l’évolution, ma mère devrait avoir des palmes à la place des mains à force de faire la vaisselle !! LOL
[20:30] <XIV> En quoi des palmes seraient elles des avantages pour faire la vaisselle ?
[20:30] <MrNause> la théorie de l’évolution n est pas fausse, elle est incomplète, c’est comme vouloir faire de la physique quantique avec les bases Newtonniennes
[20:30] <lambda> XIV +1
[20:31] <ant_> le corps s’adapte à son environnemnt
[20:31] <ant_> d’après la théorie de l’évolution c’est de la que sortent les palmes du canard lol
[20:31] <XIV> ant_ les palmes ne sont pas utile pour être dans l’eau
[20:31] <XIV> elle sont utile pour se déplacer dans l’eau
[20:31] <XIV> quand tu fais la vaisselle, tu n’as pas à te déplacer dans l’eau
[20:31] <Axone> sa mère a peut être un grand lavabo
[20:31] <ant_> est-ce que l’évolution fait la différence
[20:32] <XIV> bien sur ant_
[20:32] <ant_> héhé
[20:32] <MrNause> oui bha le bec des canards ça rend la queue plate, demandez aux castors….
[20:32] <ant_> de la taille d’un piscine Axone
[20:32] <lambda> @ant_ : Non ca c’est juste toi qui le dit, relit Darwin.
[20:33] <ant_> jlai jamais lu, à 16 ans c’est un peu galère
[20:33] == Xpchipilli [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-45.net.univ-paris-diderot.fr] has quit [Ping timeout]
[20:34] <MrNause> quand les mamiferes sont apparu au temps des dinosaures l adaptation était de survivre aux températures extremes
[20:34] <XIV> Le paon !
[20:34] <lambda> @ant_ : Essaye de te procurer un livre de Patrick Tort ils sont très abordale et sont un très bonne vulgarisation des écrits de Darwin
[20:34] <MrNause> pas d être le plus gros prédateur
[20:35] <ant_> ok lambda, merci du conseil ^^
[20:37] <XIV> Et si, pour une population, les gènes serait en fait les mèmes ?
[20:37] == Fukano [~WIFukano@Fukano.users.quakenet.org] has joined #podcastscience
[20:37] == [IRC]Scorp974 [~Scorp974@5-49-149-50.hfc.dyn.abo.bbox.fr] has joined #podcastscience
[20:38] <[IRC]Scorp974> hi
[20:38] == ValentinLoL [webchat@ALille-652-1-188-63.w90-18.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[20:38] == Valentin [webchat@ALille-652-1-188-63.w90-18.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[20:38] <[IRC]Scorp974> fukano, what do u think about stars ?
[20:39] <Fukano> Aeterna, voleur de pseudo !
[20:39] * ValentinLoL slaps Aeterna around a bit with a large fishbot
[20:39] * Fukano slaps Aeterna around a bit with a large trout
[20:39] == ValentinLoL has changed nick to Valentn_
[20:39] == Valentn_ has changed nick to Valentin_
[20:39] <XIV> Pourquoi on a pas le droit de dire ” étape” ?
[20:40] * Valentin_ slaps Aeterna around a bit with a large fishbot
[20:40] <[IRC]Scorp974> car en soit, ce n’est pas une étape
[20:40] <Valentin_> XD
[20:41] <XIV> Excrêter du sel !
[20:41] <XIV> oula je sais pas écrire
[20:41] <[IRC]Scorp974>
[20:41] <XIV> Chez la tortue, les larmes représenteune perte d’eau significative
[20:42] <[IRC]Scorp974> c’est sûr, mais il faut voir plus loin
[20:42] <Valentin_> Avec des jumelles ?
[20:42] <[IRC]Scorp974> entre autre
[20:43] <Valentin_> :p
[20:43] <[IRC]Scorp974> j’aurais dis telescope
[20:43] <Aeterna> Voleur de pseudo? plai-il? J’utilise ce pseudo ici depuis au moins 6 mois, donc non, c’est mon pseudoi ici, NA
[20:43] <Fukano> Aeterna: euh ça m’étonnerait.
[20:43] <MrNause> pourquoi la girafe a t elle un long cou ?
[20:43] <[IRC]Scorp974> 6 mois ? lol
[20:43] <Aeterna> ba alors on est deux, et on ne c’était jamais croisé
[20:43] <XIV> MrNause Parce qu’elle a été victime d’un coup monté
[20:43] <Valentin_> Aeterna NOPE
[20:43] <Fukano> Aeterna (celle qu’on connait) est connectée h24 sur l’IRC, d’ordinaire
[20:43] <MrNause> c est la question des contradicteurs de l évolution
[20:43] <Fukano> Donc c’est très peu probable
[20:43] <[IRC]Scorp974> tu es sûr XIV ?
[20:43] <Valentin_> MrNause pour faire parler les curieux
[20:44] <MrNause> oui XD
[20:44] <Valentin_> XD
[20:44] == Fukano [~WIFukano@Fukano.users.quakenet.org] has left #podcastscience []
[20:44] == Valentin [webchat@ALille-652-1-188-63.w90-18.abo.wanadoo.fr] has quit [Ping timeout]
[20:45] * Valentin_ slaps Aeterna around a bit with a large fishbot
[20:47] <[IRC]Scorp974> adaptation, structure, histoire
[20:47] == Valentin_ has changed nick to Valentin
[20:48] <MrNause> donc les dinosaures avaient des plumes et sont les an cetres des oiseaux….surtout si on peut faire pousser une queue à un poussin…non?
[20:48] <XIV> En grois, temps qu’un caractère n’est pas nuisible, il peut être maintenu même si il n’est pas utile ?
[20:49] <[IRC]Scorp974> XIV oui et non
[20:49] <XIV> ?
[20:50] <Valentin> xD
[20:50] <MrNause> donc dans la sélection naturelle tous les génomes ne sont pas évolutifs
[20:50] <lambda> @MrNause : Tes questions ont trop de préssuposé pour pouvoir te répondre ici. Elles ont l’air trop “orienté”…
[20:50] <Valentin> oO
[20:51] <XIV> Et puis, il y a peut être des avantages qu’on ne voit pas à n’avoir que 4 vertêbre.
[20:51] <MrNause> je me base sur des cas concrets
[20:51] <MrNause> c pour ça
[20:51] <Valentin> c’est*
[20:51] <[IRC]Scorp974> je trouve les exemple de MrNause plutôt concrètes
[20:52] <Alan_> c’est un peu le boxon dans la chatroom, là… j’arrive pas à voir s’il y a des questions à relayer? si?
[20:52] <lambda> “dinosaures avaient des plumes” Je crois pas que cela soit vrai.
[20:53] <MrNause> moi je crois que si
[20:53] <MrNause> mais een tant que “duvet”
[20:53] <Aeterna> certains dinosaures avaient des plumes ouo
[20:53] <MrNause> ils les perdaient
[20:53] <[IRC]Scorp974> la majorité en avait
[20:53] <Valentin> lambda les dinausires qui volait en avait
[20:53] <lambda> @Aetrena : Là je suis d’accord
[20:53] == ant_ [webchat@ARennes-655-1-111-40.w81-53.abo.wanadoo.fr] has quit [Ping timeout]
[20:53] <Aeterna> en duvet vir mieux, ya un article de Taupo sur sin blog il me semble
[20:53] <XIV> Et si, l’intérêt de la girafe, c’était de permettre aux gars de la NASA d’avoir un modèle ?
[20:54] <XIV> C’est créationiste ça ?
[20:54] <Aeterna> (je fais plein de fautes )
[20:54] <Valentin> Yep
[20:54] <lambda> @Valentin : Là je suis pas d’accord. Exemple : ptérosaure
[20:54] <MrNause> lorsqu on observe un squelette de baleine on voit les doigts
[20:54] <Valentin> lambda Presque :p
[20:54] <MrNause> les pandas ont un sixieme doigt au niveau de la paume
[20:54] <XIV> C’est la loi du plus adapté.
[20:55] <MrNause> rien à voir avec l environnement donc….
[20:55] <Valentin> Ben si
[20:55] <Valentin> …
[20:55] <Aeterna> ils n’ont pas un sixième doigt, ils sont une exfroissance osseuse qui fait figure de
[20:55] <MrNause> c est là que c est subtil…
[20:55] <Aeterna> ce n’est pas la même chose du tout
[20:56] <Aeterna> ouaip c’est subtil
[20:56] <Valentin> … !
[20:56] <MrNause> et l ornithorynque on en fait quoi?
[20:56] <XIV> le plus apte
[20:57] <XIV> on se moque MrNause
[20:57] <Valentin> C’est un poisson
[20:57] <MrNause> l homme se considere comme un individu “fini” mais il a pas fini d évoluer rassurez moi
[20:58] <[IRC]Scorp974> je ne pense pas qu’il soit fini
[20:58] <Valentin> Les robots sont les travaux finis !
[20:58] <MrNause> homo sapiens sapiens on stagne depuis un moment…
[20:58] <Aeterna> on est uneespéce hyper récente
[20:58] <Valentin> Homo sapiens sapiens sapiens seront au dessus de nous !
[20:58] <MrNause> on va vers l homme augmenté estce une évolution “naturelle” ?
[20:58] <lambda> Il faut avoir une vision au niveau des temps géologique pas de notre vie
[20:58] <Aeterna> on non peut pas dire qu’on stagne
[20:59] <[IRC]Scorp974> on s’adapte
[20:59] <Valentin> xD
[20:59] <[IRC]Scorp974> on evolue plus vraiment
[20:59] <Valentin> +1
[20:59] <MrNause> ça doit être le côté conservateur qui me fait dire ça ^^
[20:59] <XIV> on a plus qu’un seul sapiens MrNause
[20:59] <Aeterna> (et là on peutécouter le podcast )
[20:59] <Valentin> On a des os nan pas des rouages ?
[20:59] <MrNause> oui on a aussi des origines néandertaliennes selon les individus
[20:59] <Alan_> podcast, où on répond à la question de nausée justement
[21:00] <Alan_> oops
[21:00] <Alan_> sorry, j’ai un stupide correcteur d’orthographe
[21:00] <Valentin> Yep
[21:00] <Alan_> No offense, je voulais dire “Nause”
[21:00] <XIV> Et puis, aujourd’hui, on adapte plus le milieu à nous,
[21:00] <MrNause> oui Sarte aussi aurait apprécié “nausée”
[21:01] <Alan_>
[21:01] <XIV> on a plus vraiment besoin de s’adapter à notre milieu
[21:01] <[IRC]Scorp974> on dit que la planete se rechauffe, l’homme pourrait s’adapter non?
[21:01] <Aeterna> on fait partie de notre milieux, donc on évolue aussi les uns par rapport aux autres
[21:02] == Valentin has changed nick to [RD
[21:02] <MrNause> nause ça vient de Arnaud ,arnauze, nause’art, nause pour la petite histoire…
[21:02] <Alan_> aaahhh
[21:02] == [RD [webchat@ALille-652-1-188-63.w90-18.abo.wanadoo.fr] has left #podcastscience []
[21:02] <MrNause> parce que je dessine un peu
[21:02] <MrNause> pas parce que j ai un gros nez
[21:05] <MrNause> donc une plante fleuri pour se reproduire et une espece survie pour la même cause
[21:05] <XIV> Donc, on évolue plus pour s’adapter au milieu mais pour ressembler au modèle de beauté ?
[21:05] <MrNause> non impossible
[21:05] <Aeterna> Sur le coup de l’évolution humaine, il y a un superbe strip de SMBC la dessus
[21:05] <MrNause> c est pas de l evolution
[21:05] <MrNause> c est du conformisme
[21:06] <Aeterna> ou il dit qua dans 1000 ans tout les humains aurant un morceau de chair perce préservatif sur le sexe
[21:06] <MrNause> mais l homme peut auto évoluer
[21:06] <MrNause> technologiquement
[21:06] <Aeterna> ce qui donne un super avantage pour la reporduction
[21:07] <MrNause> on a dépassé le concept de l évolution car on peut intervenir sur les genes de maniere consciente
[21:07] <MrNause> plus l adaptation naturelle
[21:07] <[IRC]Scorp974> l’homme évolue intellectuellement à notre époque
[21:07] <MrNause> je pense qu il y a une compatibilité
[21:08] <MrNause> naturelle et intellectuelle
[21:08] <XIV> ahoui,j’ai étudié ça
[21:09] <MrNause> si la planete se rechauffe on va migrer et bronzer, mais d un point de vue technologique on peut se greffer des bras bioniques
[21:09] <MrNause> se sont deux évolutions differentes
[21:09] <MrNause> qui ne subissent pas les mêmes influences
[21:10] <MrNause> mais peut on parler d évolution “non naturelle” ?
[21:11] <MrNause> si l homme intervient sur l evolution, est ce de l évolution ? au sens propre?
[21:12] <MrNause> et par exemple la fécondation in vitro est elle un dépassement sur cette nature?
[21:12] <Alan_> tu veux dire par sélection artificielle?
[21:13] <MrNause> sommes nous plus forts que l’évolution?
[21:13] <MrNause> oui sélection artificielle
[21:13] <[IRC]Scorp974> définis “plus forts”
[21:13] <MrNause> a t elle de l avenir
[21:13] <MrNause> ouseront nous rattrappés
[21:13] <MrNause> ?
[21:13] <MrNause> par la nature
[21:14] <[IRC]Scorp974> je pense que c un ensemble, tout evolue, et on s’adapte au fur et à mesure
[21:14] <MrNause> donc environnement
[21:15] <MrNause> mais là où les choses deviennent intéressantes c est que l évolution doive prendre en compte l environnement pour l adaptation, et non la survie ou le besoin de se reproduire
[21:16] <MrNause> quelle approche faut il alors faire du terme ” évolutioné ?
[21:16] == [IRC]Valentin [webchat@ALille-652-1-188-63.w90-18.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[21:16] == Jorj_McKie [webchat@AMontsouris-554-1-105-20.w83-202.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[21:16] <MrNause> lol évolution *
[21:16] <[IRC]Valentin> Tiens [IRC]Valentin :p
[21:16] <[IRC]Valentin> xD
[21:16] <[IRC]Valentin> *sors*
[21:16] <Jorj_McKie> Bonsoir à tous
[21:16] <[IRC]Scorp974> salutations
[21:18] <Alan_> hey, salut Jorj! Welcome
[21:18] <XIV> Comment peut on prouver quelle sont transmise ?
[21:20] <MrNause> http://www.chezmaya.com/humour/evolution.jpg
[21:20] <MrNause> XD
[21:20] <MrNause> mdr
[21:20] == lambda [webchat@75-54-190-109.dsl.ovh.fr] has quit [Ping timeout]
[21:20] <[IRC]Valentin> Interdit les liens !
[21:20] <MrNause> hz bon ?
[21:21] <[IRC]Valentin> En faite je sais pas, d’habitude j’ai pas le droit au lien, je sais pas ici
[21:21] <MrNause> jusqu à présent ça n a jamais posé prblm
[21:21] <MrNause> sauf erreur
[21:22] * [IRC]Valentin slaps Aeterna around a bit with a large fishbot
[21:22] * [IRC]Valentin slaps Aeterna around a bit with a large fishbot
[21:22] <Aeterna> t’ain comment on réponde a un message?
[21:22] <[IRC]Scorp974> XIV la selection naturelle a déjà été démonté (expérience de Luria et Delbrück)
[21:23] <XIV> c’est pas ça ma question
[21:23] <Aeterna> (et accessoireùment quelle est la commande pour changer de pseudo? )
[21:23] == Axone has changed nick to Nouveau_pseudo
[21:23] <Nouveau_pseudo> rahhh
[21:23] <XIV> AHA !
[21:23] <XIV> Sale sale !
[21:23] == Nouveau_pseudo has changed nick to Axone
[21:23] <Axone> /nick Nouveau_pseudo
[21:24] == Aeterna has changed nick to Aeterna_
[21:25] <MrNause> lance un dé 20 et si tu fais une réussite critiques tu passes du néanderthal à l’homo superior avec domination animale 99+9
[21:26] <[IRC]Scorp974> je dois m’en aller, bonne évolution à vous !
[21:26] == [IRC]Valentin [webchat@ALille-652-1-188-63.w90-18.abo.wanadoo.fr] has left #podcastscience []
[21:26] <MrNause> cf podcast de la semaine derniere
[21:26] == [IRC]Scorp974 [~Scorp974@5-49-149-50.hfc.dyn.abo.bbox.fr] has left #podcastscience []
[21:31] <Jorj_McKie> Elle est bonne la moquette
[21:32] <Jorj_McKie> Non t’est pas clair mais ça s’arrenge
[21:32] <Alan_>
[21:32] <MrNause> surtout si tu te lance dans un JDR créationniste mais il fallait être là la semaine derniere
[21:36] <XIV> Est ce que 1 mutation peut permettre à d’autre mutations, “cachée” jusqu’à présent, de s’exprimer ?
[21:37] <@Xilrian> oui les caractéres phénotypiques sont générallement le résultat d’un faisseaux de génes
[21:38] <XIV> BRAVO !
[21:38] <Alan_> merci
[21:38] <MrNause> les x men ont ils un avenir ?
[21:38] <Aeterna_> Tu as aussi le cas des cancers comme ça
[21:39] <XIV> ok merci
[21:39] <Aeterna_> il faut si je me rappelle bien de mes cours 4/5 gênes qui mutent pour qu’une cellule deviennet cancéreuse
[21:39] <Aeterna_> et tant que les 4/5 mutations ne sont pas toutes là, les cellules a qui ils manquent juste une mutation restent non cancéreuse
[21:40] <Aeterna_> (si ça dit quelque chose au Maitre de la Conférence )
[21:40] <MrNause> donc les maladies héréditaires sont une caractéristique de l’évolution…non?
[21:41] <MrNause> donc d adaptation….
[21:41] <XIV> l’exposition au soleil
[21:42] <XIV> pas forcément MrNause
[21:42] <XIV> tu peux avoir des mutation qui n’amène pas ou plus à une adaptation
[21:44] <MrNause> http://sphotos-a.ak.fbcdn.net/hphotos-ak-ash4/375996_304194626381206_853367278_n.jpg
[21:45] <MrNause> j ai compris, certaines évolutions sont nuisibles à l adaptation mais il y a évolution quand même
[21:45] <XIV> MrNause il faut que tu vois que l’Évolution se fait sur beaucoup d’individus et non 1 seul
[21:46] <MrNause> oui ça c est reçu
[21:46] <MrNause> mais j aime faire du cas par cas
[21:47] <MrNause> les moutons à deux têtes sont rares
[21:47] <XIV> c’est impossible MrNause
[21:47] <MrNause> hi hi
[21:48] <MrNause> vivement les générations futures de fukushima qu on se marre un peu
[21:49] <Beetho_>
[21:49] <MrNause> les poissons à trois yeux auront ils le même gout que les poulets élevés en batterie ?
[21:50] <XIV> aaaah
[21:50] <Aeterna_> plus de son?
[21:50] <XIV> ça boucle
[21:50] <Axone> ALERTE
[21:51] <XIV> saperlipopette !
[21:51] <Aeterna_> ah moi ça a arréter de boucler et ça a planter tout cout
[21:51] <Jorj_McKie> Taupo tu pense quoi des theses de Didier Raoult : http://www.amazon.fr/s/ref=nb_sb_ss_c_0_13?__mk_fr_FR=ÅMÅZÕÑ&url=search-alias%3Dstripbooks&field-keywords=didier+raoult&sprefix=Didier+Raoult%2Caps%2C291
[21:51] <XIV> ça aurait pas pu arriver au début ça ?
[21:51] <Aeterna_> ALERTE !!!
[21:51] <Aeterna_> snif
[21:51] == Jorj_McKie [webchat@AMontsouris-554-1-105-20.w83-202.abo.wanadoo.fr] has quit [Quit: Page closed]
[21:51] <Axone> ça remarche, on est sauvés
[21:51] <XIV> Oui Capitaine
[21:52] <Aeterna_> Oui on entend
[21:52] == Jorj_McKie [webchat@AMontsouris-554-1-105-20.w83-202.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[21:52] <Aeterna_> Oui oui continuez
[21:53] <Jorj_McKie> Donc je repose ma question, Taupo connais-tu les thèses de Didier Raoult, si oui qu’en penses tu
[21:53] <XIV> Je sais pas si certains d’entre vous ont lu le Prince de Machiavel, mais, c’est impressionant les similitude avec l’Évolution
[21:54] == svwn [webchat@cust-150-58-109-94.dyn.as47377.net] has quit [Quit: Page closed]
[21:55] <@Xilrian> XIV: developpe ^^
[21:56] <XIV> bin, déjà, cette importance de l’efficacité
[21:56] <MrNause> très ironique et narquois le prince de machiavel je trouve…
[21:57] <XIV> et c’est aussi une chose que Machiavel prone, la maléabilité et la nécéssité de s’adapter
[21:57] <Jorj_McKie> Bonne réponse
[21:58] <XIV> pourquoi MrNause ?
[22:00] <Jorj_McKie> Si j’ai bien compris il fait du buzz sur pas grand chose, il me semble
[22:00] <MrNause> de mes souvenirs j ai ressentis une grande médisance de sa part sur les valeurs de la vertu et du bien pensé
[22:00] == Beetho_ [webchat@AOrleans-257-1-47-225.w90-19.abo.wanadoo.fr] has quit [Quit: Page closed]
[22:00] <MrNause> mais c est loin dans mamémoire je peux me tromper
[22:01] <XIV> MrNause c’est pas exactement de la médisance,
[22:03] <MrNause> le mot est pas forcémént juste
[22:03] <XIV> c’est juste qu’il veut être le plus efficace possible, donc, il se doit d’être tout à fait pragmatisme,
[22:03] <MrNause> mais t as compris l idée
[22:03] <MrNause> c est critique
[22:03] <XIV> et la vertu / morale… est un frein à l’efficacité
[22:03] <Jorj_McKie> J’adore Taupo, sa parole est claire
[22:03] <MrNause> en fait je me souviens plus si l ouvrage fait preuve d humilité et de remise en cause ou si il ennonce des vérités…je sais qu il soulève des questions intéressantes mais je l ai lu ily a longtemps
[22:03] <Alan_> La religion de Jorj dévoilée
[22:04] <XIV> Vous voulez pas faire une pause, faut que j’aille nourrir mon chien !
[22:04] <Alan_>
[22:05] <MrNause> mange ton chien tu gagneras du temps
[22:05] <Alan_> tkt, à ce rythme on sera tj là quand tu reviens?
[22:05] <Jorj_McKie> Tu veux dire que je suis un salaud de matérialiste bouffeur de bébé, et assin de chats ?
[22:06] <MrNause> c’est pas être salaud c’est avoir faim et prendre ce qui est à portée de main pour survivre
[22:06] <MrNause> nuance
[22:06] <XIV> Nan mais, j’ai pas envie de rater quelque chose,
[22:06] <XIV> vous voulez pas recommencer à bugger sur mon pseudo ?
[22:06] <MrNause> bha laisse crever ton chien jusqu à la fin de l émission
[22:07] <MrNause> tu culpabilisera mais t auras rien loupé
[22:10] <MrNause> le chainon manquant c’est une notion ou c est un rai concept?
[22:11] <XIV> Nan mais sérieux,
[22:11] <XIV> parlez de vos grand mères deux minutes là
[22:12] <Alan_> on a une question de tupe dans 2 minutes
[22:14] <Jorj_McKie> Et l’hymen?
[22:14] <MrNause> la transmission de 100% de génomes d une espèce d une génération à l autre conduirait à son extinction car elle ne prendrait plus en compte le facteur d adaptation…ou je dis une connerie?
[22:15] <Jorj_McKie> Ha mais on à lessuisses
[22:15] <Alan_> mhhh?
[22:15] <XIV> Mathus !
[22:16] <MrNause> en fait la question c est est ce que l environnement modifie notre génome ou celui des especes?
[22:16] <MrNause> ou notre adaptation à celui ci le modifie t il
[22:16] <MrNause> inné/acquis
[22:16] == [IRC]Valentin [webchat@ALille-652-1-188-63.w90-18.abo.wanadoo.fr] has joined #podcastscience
[22:16] <XIV> Et puis l’intelligence n’est pas forcément une adaptation
[22:17] == [IRC]Valentin [webchat@ALille-652-1-188-63.w90-18.abo.wanadoo.fr] has left #podcastscience []
[22:17] <MrNause> non l intelligence est une attitude ça n a rien à voir je pense
[22:18] <Jorj_McKie> Comme les suisses
[22:19] <XIV> aha
[22:19] <XIV> Bon,
[22:19] <XIV> je crois que je vais me faire bouffer par mon chien
[22:19] <XIV> voilà
[22:19] <MrNause> on est d accord ou pas mais ne pas confondre l’intelligence et la culture, personnellement je conçois l intelligence comme un potentiel de curiosité, d empathie et de remise en cause, mais cela reste ma définition personnelle
[22:20] <XIV> je re
[22:20] <MrNause> je connais des analphabètes illétré et incultes très intelligent par leur attitude
[22:21] <MrNause> donc en constant apprentissage
[22:23] <Jorj_McKie> Pourrait on dire que c’est pareilchez l’humain.?
[22:23] <XIV> re
[22:24] <XIV> Je suis crétine
[22:27] <MrNause> les poissons (certaines especes) peuvent changer de sexe je crois
[22:28] <MrNause> il y en a même capable de s auto reproduire en ne donnant naissance qu a des femelles mais je sais plus quelles especes sont concernées par ce phénomène
[22:28] <Jorj_McKie> La nature est extraordinaire.
[22:29] <Jorj_McKie> Pourquoi le surnaturel ?
[22:29] <Aeterna_> MrNause, il me semble que c’est une espéce de grenouille amazionnienne
[22:30] <Aeterna_> Il n’y a plus que des femelles et elles ne se réproduisent que par parthénogénèse
[22:30] <Aeterna_> (donc du coup est ce vraiment une espèce … vu qu’elles ne sont pas interfécondes vu qu’il n’y a pas de mâle)
[22:32] == Xochipilli [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-41.net.univ-paris-diderot.fr] has joined #podcastscience
[22:33] <XIV> Un physicien est-il vraiment rigoureux quand il ecrit 1 au lieu de 1,000000000000000000000000000000
[22:33] <XIV> c’est une question d’echelle
[22:34] <Axone> Tout dépend de l’incertitude que tu juges acceptable
[22:34] <Jorj_McKie> C’est pareil en physique
[22:34] <Axone> La “non-rigueur” de la bio et de la théorie de l’évolution n’est pas un problème d’échelle
[22:35] <MrNause> …mais de conception…..
[22:35] <Axone> Je trouve que c’est assez dangereux
[22:35] <Axone> C’est un coup de se planter monumentalement
[22:36] <Axone> *à
[22:36] <MrNause> l évolution peut elle se vérifier de maniere mathématique ?
[22:36] <XIV> ah
[22:36] <XIV> On te capte plus
[22:36] <Axone> ça bug
[22:37] <XIV> oui
[22:37] <Aeterna_> ouaip ça reboucl
[22:37] <Axone> NON MAIS ALLO QUOI
[22:37] <Aeterna_> oui on
[22:37] <Aeterna_> ah nbon on entends plus
[22:37] <Alan_>
[22:37] <Axone> ça remarche
[22:37] <MrNause> changez d onglet ça va devenir fluide
[22:37] <Aeterna_> ah si on entends de nouveau
[22:38] <Axone> C’est le problème de la vulgarisation
[22:38] <Axone> Il faut pas que la théorie de base soit directement vulgarisée
[22:40] <Jorj_McKie> pas réfuter, ni keppler, ni newton, une évolution
[22:40] <Jorj_McKie> Pas plante c’est enervant
[22:41] <Jorj_McKie> Dans lae cadre défini Newton fonctionne encore aujourd’hui
[22:41] == Xochipilli [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-41.net.univ-paris-diderot.fr] has quit [Ping timeout]
[22:42] <MrNause> plus de son
[22:43] <MrNause> ha si
[22:43] <XIV> Est ce que ce ne serait pas un peu instinctif aussi
[22:43] <XIV> certaine personnes n’arrivent pas du tout à integrer cette théeorie
[22:43] <MrNause> la survie, l adaptation et la reproduction , en gros ce sont les trois poblématiques qui ont leurs propres théories
[22:45] <XIV> Ah moi j’ai une question !
[22:45] <XIV> Comment on gagne de l’argent en étudiant l’Évolution ?
[22:45] <MrNause> le danger c est le paradigme…..
[22:45] <XIV> Nan parce que c’est hyper tentant à étudier,
[22:45] <MrNause> tu créé une secte
[22:46] <XIV> aha
[22:46] <Jorj_McKie> Le timming on s’en fout c’était vraiment super.
[22:47] <XIV> +1
[22:47] <Axone> +1, Merci pour ce podcast
[22:47] <Alan_>
[22:47] <Aeterna_> oui merci pour ce podcast
[22:48] <MrNause> on parle de “théorie” de l’évolution mais jusqu à présent on a pas trouvé mieux que ctte dite “théorie”
[22:49] <XIV> les quoi ?
[22:49] <XIV> les bananes ?
[22:50] <Axone> C’toi la banane
[22:50] <Alan_> les balanes
[22:51] <Aeterna_> tchao
[22:51] <Axone> ciao
[22:52] <Jorj_McKie> Merci Pierre
[22:52] <MrNause> on en revient à l intelligence: l intelligence c est pas savoir répondre aux bonnes questions mais savoir les formuler….
[22:52] <Axone> des chips à cette heure ci !
[22:52] <Aeterna_> c’est vrai que ça en fait du bruit les chips …
[22:52] <Axone> le fouet, le fouet !
[22:52] == Jorj_McKie [webchat@AMontsouris-554-1-105-20.w83-202.abo.wanadoo.fr] has quit [Quit: Page closed]
[22:52] <MrNause> avec des clous
[22:55] <Axone> Bonne nuit, à la semaine prochaine
[22:55] == Axone [~Axone@APuteaux-154-1-62-214.w86-195.abo.wanadoo.fr] has quit [Quit]
[22:55] == Aeterna_ [webchat@cou93-1-89-80-251-218.dsl.sta.abo.bbox.fr] has quit [Quit: Page closed]
[22:57] <MrNause> on s occupe de votre pub, bientot podcast science superstar
[22:58] <MrNause> donc on prend darwin et on le met face à noé dans l arche
[22:58] <MrNause> lol
[22:59] <MrNause> bye
[22:59] <prof_von> au lit, nause
[22:59] <prof_von> bonne nuit!
[22:59] <prof_von> merci de la visite
[22:59] <MrNause> XD
[22:59] <MrNause> non je veux faire du JDR
[23:00] == MrNause [webchat@ANantes-257-1-52-80.w90-25.abo.wanadoo.fr] has quit [Quit: Page closed]
[23:01] == XIV [~XIV@21.202.71.86.rev.sfr.net] has quit [Quit: </IRC>]
[23:06] == Taupo [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-46.net.univ-paris-diderot.fr] has quit [Quit: Page closed]
[23:09] == NicoTupe [webchat@roam-nat-fw-prg-194-254-61-43.net.univ-paris-diderot.fr] has quit [Ping timeout]
Salut tout le monde!
Point d’orgue cette semaine à la saga de Pierre Kerner sur l’arbre du vivant et fin par la même occasion de la saison 1 de Podcast Science
Le dossier de la semaine
- Pierre Kerner, l’arbre du vivant 3/3: cette semaine, la phylogénie ou comment nous sommes plus proche des concombres de mer et des oursins que des insectes.
La quote de Mathieu et de Pierre de la semaine
Backward chronology in search of ancestors really can sensibly aim
towards a single distant target. […] Go backwards and, no matter where
you start, you end up celebrating the unity of life. - Richard Dawkins, The Ancestor’s Tale
Et cela donne en Français:
Parcourir notre chronologie à l’envers à la recherche d’ancêtres n’est voué qu’à trouver une très lointaine cible […] En remontant le temps, quel que soit le point dont on part, on finit toujours par célébrer l’unité du vivant
Richard Dawkins, Il était une fois nos ancêtres
(Cet article est publié en même temps sur SSAFT, le blog de Pierre Kerner)
Suite et fin de notre épopée pour percer le secret de l’arbre de la vie. Les semaines précédentes, nous avons exploré l’origine du vivant et la définition de vivant puis je vous ai raconté une histoire des classifications du Vivant jusqu’à aborder la méthode de la classification actuelle: la phylogénie.
La classification phylogénétique du Vivant
Certains d’entre vous se demandent peut-être pourquoi le titre du dossier s’appelle l’arbre du vivant quand on va aborder la classification du vivant…
Pourquoi un arbre? Et bien tout simplement parce qu’un arbre représente facilement les relations de parenté. Comment représenter la généalogie, autrement qu’avec un arbre? C’est pas facile, hein?
Par contre, il faut faire très attention: c’est pas parce qu’on trouve un arbre dans un livre, qu’il s’agit nécessairement d’un arbre phylogénétique. De la même manière, si vous trouvez dans une entreprise un arbre hiérarchique cela ne signifie pas que le PDG a engendré tous ses employés… Il faut aussi distinguer un arbre phylogénétique d’un arbre généalogique. Ils sont tous deux issus de la même réflexion, mais dans un arbre généalogique on peut répondre à la question “qui descend de qui?”, tandis qu’avec un arbre phylogénétique, on ne peut répondre qu’à la question “qui est plus proche de qui?”.
Dans n’importe quel arbre, il y a des branches, des nœuds et des feuilles: les feuilles représentent les individus vivant à l’heure actuelle, et grâce aux branches et aux nœuds, on peut connaitre leurs relations de parentés. Là où il y a une différence entre l’arbre généalogique et l’arbre phylogénétique c’est quand on considère les nœuds. Dans un arbre généalogique, les nœuds représentent des individus réels, de véritables ancêtres. Comme je l’ai dit plus haut, quand on aborde les êtres vivants, c’est pratiquement impossible d’avoir accès aux ancêtres à l’heure actuelle. Du coup, les nœuds représentent des ancêtres hypothétiques. Là où la généalogie est une représentation directe du passé, la phylogénie ne s’attache qu’à reconstituer le passé. Et même si on veut faire une phylogénie avec des fossiles, ceux-ci seront placés sur les feuilles: on ne sait pas si le fossile qu’on tient dans la main est véritablement un ancêtre qu’on peut placer à un nœud (si ça se trouve on tient un individu qui est mort avant de se reproduire…) Dans le doute, on ne le considère pas comme un ancêtre et on le place au sommet de l’arbre, comme les autres espèces actuelles, ce qui va permettre de déterminer quand même avec quelles autres espèces le fossile est le plus proche.
Dans cet arbre phylogénétique, Mesonyx, Ambulocetus et Basilosaurus représentent des espèces fossiles
Bref, tâchons de classifier le vivant. L’un des plus grands bouleversements qu’a subi la classification du vivant ces dernières années concerne la division du monde vivant. Historiquement, on partageait le vivant en deux domaines distincts: les organismes dont les cellules porte un noyau (qu’on appelle eucaryotes, avec par exemple des organismes unicellulaires comme la levure, l’amibe et des organismes pluricellulaires comme les plantes, les champignons, les animaux, etc…) et les organismes dont les cellules ne porte pas de noyau (qu’on appelle procaryotes avec par exemple les bactéries).
En ce qui concerne la classification d’organismes unicellulaires (qui forment la majorité des organismes vivants) les phylogénéticiens du début du XXème siècle avaient évidemment beaucoup de difficultés à trouver des caractères homologues pour réaliser leurs phylogénies… C’est en effet plus difficile de trouver des similitudes entre des organismes qui ne sont formés que d’une seule cellule, que de trouver des similitudes chez différentes espèces d’animaux qui présentent des caractères morphologiques complexes et visibles facilement comparables.
Heureusement, avec l’avènement de la génétique moderne et l’accès aux séquences du patrimoine génétique de ces organismes, les chercheurs se sont trouvés dotés d’une ribambelle de nouveaux caractères comparables entre les organismes vivants: on peut ainsi comparer la séquence de gènes qui ont été conservées entre toutes les espèces vivantes depuis plus de 3 milliards d’années! Les séquences de gènes peuvent, au même titre qu’une particularité morphologique, être considérées grosso-modo comme des caractères homologues.
C’est avec ces nouveaux outils génétiques que Carl Woese et George Edward Fox ont décidé de classer tous les procaryotes… Et leurs résultats firent l’effet d’une bombe: à la base de l’arbre, témoignant du début de l’histoire de toutes les espèces, le monde du vivant n’était plus divisé en 2 domaines, mais en 3.
Ceux-ci portent les noms suivants: Eucaryotes, Eubactéries et Archées. Eubactéries et Archées sont des groupes d’organismes unicellulaires sans noyau, mais on ne peut plus les regrouper en tant que procaryote car le gouffre génétique entre eucaryotes et archées est aussi large que celui qui sépare eubactéries et eucaryotes! Pire, le fait que l’on ne possède pas de groupe extérieur pour le comparer avec ces trois domaines fait que l’on n’arrive pas à savoir quel groupe a émergé en premier. Est-ce que ce sont les eubactéries dont certaines populations ont ensuite donné naissance aux archées et aux eucaryotes? Ou est-ce que ce sont les archées, ou encore les eucaryotes? Pour l’instant, impossible à dire! On a donc un bel arbre avec trois branches initiales mais le tronc reste une inconnue.
Toujours est-il que cette révolution a apporté un vent de fraîcheur dans les esprits car tous les scénarios évolutifs devenaient envisageables y compris celui où des organismes complexes auraient émergés avant le lignage des organismes les plus simples de la planète (eubactéries et archées).
Bref un petit mot sur chacun des protagonistes de l’histoire:
Exemple d’Eubactérie: Escherischia coli
Les Eubactéries sont donc des organismes unicellulaires dépourvus de noyaux et rassemblent la plupart des bactéries que nous connaissons couramment: Escherischia coli, Bacillus anthracis (alias l’agent de l’anthrax), Vibrio cholerae (l’agent du choléra), Treponema pallidum (l’agent de la syphilis), Yersinia pestis (l’agent de la peste)… Bref, un bon lot de saloperies pour quelques espèces cruciales à notre survie… Au rang des bactéries essentielles, il y a les cyanobactéries sans lesquelles nous ne pourrions pas respirer à la surface de la terre: c’est grâce à elles si l’atmosphère terrestre a vu son taux de dioxygène s’élever de 1% aux 20% actuels!
Exemple d’Archée: Halobacteria sp.
Les archées, ayant été découvertes assez récemment, restent une Terra Incognita de la microbiologie. Ce sont également des organismes unicellulaires sans noyaux. La majorité des archées découvertes sont Extremophiles et peuvent survivre et pulluler dans des environnements très hostiles comme les geysers, les cheminées hydrothermales, les rejets acides de certaines mines, etc… Mais on en trouve de plus en plus dans des lieux ordinaires comme… Notre estomac! Certaines sont même indispensables à la survie d’espèces animales comme les termites dont l’estomac est rempli d’archées méthanobactériales qui convertissent l’hydrogène en méthane et permettent la digestion du bois dont raffolent les termites.
Exemple d’Eucaryote: la levure Saccharomyces cerevisiae
Bon au passage, vous aurez remarqué qu’elles ont un peu les même tronches ces cellules…
Et pourtant elles sont les représentantes de trois lignées qui se sont séparées il y a plus de 3 milliard d’années!!!
Passons enfin au troisième domaine, celui des Eucaryotes. Bien qu’une bonne partie des eucaryotes soient unicellulaires, il s’agit de la seule lignée du vivant d’où ont émergé des organismes pluricellulaires (dont nous, Homo sapiens: nous sommes des eucaryotes, au même titre qu’une fougère, une amibe et une levure). Les cellules eucaryotes sont caractérisées par la présence d’un noyau qui contient l’information génétique de la cellule.
Les auditeurs de Podcast Science ont probablement écouté l’émission sur les mitochondries qui représentent une autre caractéristique spécifique aux Eucaryotes: ce sont ce qu’on appelle des organelles, des petites structures annexes au noyau qui baignent dans le milieu intracellulaire qu’on nomme le cytoplasme.
Ces structures sont dotées de 2 membranes et sont indispensables à la respiration cellulaire. C’est grâce aux mitochondries que des molécules comme des sucres ou des lipides sont convertis, par oxydation, en énergie chimique. Certaines cellules eucaryotes ont d’autres organelles comme les chloroplastes qui confèrent aux cellules eucaryotes qui les portent la capacité de photosynthèse.
Ce qui a souvent laissé pantois les chercheurs, c’est que chloroplastes et mitochondries possèdent leur propre ADN et sont capables de se diviser dans la cellule eucaryote. L’idée de génie qu’ont eu Carl Woese et Gary Olsen, c’est d’utiliser les séquences de certains gènes mitochondriaux et chloroplastiques pour faire leur phylogénies. Nouvelle Bombe dans le monde de la biologie (une habitude pour le bombardier qu’est Carl Woese!): les mitochondries et les chloroplastes se placent dans l’arbre du vivant au sein du groupe des eubactéries!
Chloroplastes et mitochondries (en rouge) se trouvent au sein des Eubactéries
Comment interpréter ce résultat? Et bien c’est simple, cela signifie que les mitochondries et les chloroplastes sont les reliques d’eubactéries coincées dans les premières cellules eucaryotes. On ne sait pas s’il s’agit d’une symbiose, d’un parasitage, ou d’une digestion inachevée…
Toujours est-il que les cellules eucaryotes sont toutes des chimères avec un peu d’eubactéries les accompagnants perpétuellement. C’est peut-être la plus vieille et la plus longue histoire d’amour jamais racontée! Et pourquoi pas la raconter en musique, hein?
Penchons-nous maintenant sur les eucaryotes. Autant le dire tout de suite, à l’oral, il est quasi impossible de représenter la classification de ces organismes dont on a recensé plus d’1 738 575 espèces (et estimé le nombre à plus de 8 700 000!). L’arbre des eucaryotes est un arbre gargantuesque aux branches innombrables.
Il y a pourtant un aspect qu’on peut transmettre à la base de l’arbre des eucaryotes: ceux-ci se sont scindés en deux lignées bien distinctes: les unicontes et les bicontes.
Tous les organismes bicontes, à la base tous unicellulaires, portent deux flagelles, cette sorte de petite queue qui sert à leur mobilité, tandis que les organismes unicontes (tous à la base unicellulaires également)… et ben ils n’en portent qu’un. Chez ces deux lignées, il y a eu émergence de la pluricellularité (plusieurs fois d’ailleurs, une convergence évolutive de taille !) Et au passage, certaines cellules que les organismes pluricellulaires eucaryotes produisent gardent une relique de ces deux innovations évolutives: les unicontes pluricellulaires produisent en général des spermatozoïdes avec un seul flagelle, tandis que les bicontes produisent en général des spermatozoïdes avec deux flagelles.
Les bicontes d’une part et les unicontes d’autre part forment 2 groupes monophylétiques, c’est-à-dire un ancêtre et tous ses descendants.
Chez les bicontes, on trouve la Lignée Verte (la lignée des organismes ayant effectué la première endosymbiose chloroplastique… et non un roman de Stephen King…), mais aussi des paramécies ou encore des apicomplexés (contenant les agents de la malaria et de la toxoplasmose).
Les unicontes quant à eux, regroupent l’ensemble des espèces animales, mais aussi le groupe des champignons, ou encore celui des amibes. Vous avez bien entendu: les animaux sont donc, en terme de parenté, plus proches des champignons et des amibes que d’un Sapin!
Et ce, quel que soit la complexité des champignons: la levure, organisme unicellulaire appartenant au groupe des champignons, est plus proche de l’humain que de n’importe quelle plante!
La séparation arbitraire classique du règne animal et végétal a enfin explosé.
J’en profite au passage pour appuyer sur un point crucial concernant cette révolution: le fait d’être doté de capacités de photosynthèse n’est pas une innovation évolutive caractérisant la Lignée Verte. Rappelez-vous, les chloroplastes sont des reliques de cyanobactéries, et il y en a encore plein à travers le monde: ce ne sont pas des plantes pour autant. D’autre part, il y a beaucoup d’autres organismes eucaryotes qui sont capables de photosynthèse. Classiquement, ils étaient regroupés sous le nom d’algues. Et bien les algues, c’est un groupe qui n’a aucune valeur phylogénétique: c’est un patchwork d’organismes pas du tout apparentés avec en son sein des espèces unicontes et bicontes. Un vrai fouillis sans aucun sens!
Tous les noms en vert désignent des groupes d’espèces qu’on appelait algues… Autant dire que les algues ne représentent donc pas un groupe avec un ancêtre et tous ses descendants… Sinon, nous serions des algues!
Bon allez, je sais qu’il vous démange de savoir maintenant où sont les animaux dans cette classification. Et bien les animaux font partie, comme je le disais, du groupe des unicontes, proche parents des champignons. De nos jours on donne au groupe monophylétique des animaux le nom de métazoaires.
Il faut garder en tête que pour affirmer que toutes les espèces animales forment un groupe monophylétique, les chercheurs ont utilisé de très nombreux outils pour réaliser leurs arbres, avec une batterie de preuves moléculaires, anatomiques, fossiles, etc. pour appuyer cette hypothèse. De nos jours, le groupe des Métazoaires semble robuste. On sait que les métazoaires sont tous pluricellulaires… mais la pluricellularité a émergé plusieurs fois au cours de l’évolution… C’est seulement après avoir conclu que les métazoaires forment un groupe, qu’on peut se demander quelles sont les véritables innovations évolutives qui les caractérisent. Je vous préviens, c’est pas folichon, folichon…
Les métazoaires sont ainsi caractérisés par leur capacité à produire du collagène, la structure de leur spermatozoïde, la production asymétrique de gamètes femelles, des liaisons cellulaires particulières appelées desmosomes… Bref, rien de transcendantal au final…
Quels sont donc les différents groupes de métazoaires? Et bien là, on arrive à un point où la communauté scientifique connait plus de remous. Qu’à cela ne tienne, je vous tiendrai au courant si tout ce que je dis aujourd’hui subit une nouvelle révolution suite à des découvertes fondamentales ultérieures.
Diverses éponges
A la base des métazoaires, il y a le groupe des éponges: le premier groupe à avoir divergé du reste de l’ensemble des métazoaires. Les éponges n’ont pas de plan d’organisation caractéristique: c’est à dire qu’on a du mal à trouver une symétrie chez elles. Il ne faut pas les prendre pour des bouseuses pour autant: il existe par exemple certaines espèces d’éponges carnivores!
Il existe un second groupe à la base des métazoaires: le problème c’est qu’il ne contient qu’une seule espèce, Trichoplax adhaerens. C’est un organisme totalement incongru, une sorte de tapis de cellule, qu’on a découvert par hasard poussant dans un aquarium. A lui tout seul, il forme le groupe des Placozoaires (enfin le groupe du Placozoaire pour être précis…) Mais il faut l’avouer: il est très difficile de savoir de quel groupe cette drôle de bestiole est la plus proche.
Tout le reste des Métazoaires forme un groupe monophylétique très robuste avec de nombreuses innovations évolutives marquées: c’est le groupe des eumétazoaires. Les eumétazoaires sont caractérisés par un système nerveux, la production de nombreuses cellules différenciées, la présence d’une cavité digestive différenciée, etc. Disons que les eumétazoaires, ce sont les animaux qui ont de la gueule! Ce sont à vrai dire des animaux qui présentent, dans la grande majorité des cas, un plan d’organisation.
Chez les eumétazoaires, on retrouve deux groupes d’émergence précoce qui possèdent une symétrie radiaire: les cnidaires et les cténophores.
Exemples de cnidaires et cténophores
(A) Groseille de mer Pleurobrachia pileus.
(B) Ceinture de Vénus Cestum veneris. (C) Beroe cucumis.
(D) Colonie de siphonophores Marrus orthocanna.
(E) Corail Alcyonium digitatum. (F) Anémone Actinia equina.
(G) Physalis Physalia physalis. (H) Méduse Chrysaora hysoscella.
J’me la pète un peu mais, au passage, c’est une illustration tirée de ma thèse…
Ouh là, vas-y que j’t’embrouille avec mes mots d’extraterrestre. On la refait en compréhensible: les premiers eumétazoaires qui se sont séparés évolutivement du reste de leur cousins, sont des organismes dont les descendants actuels sont possèdent un plan d’organisation particulier: ils ont tous un axe principal de symétrie et c’est tout.
On ne peut pas différencier la droite de la gauche, seulement le haut et le bas. Ces animaux appartiennent à des groupes qu’on a appelé cnidaires et cténophores (ce qui probablement ne vous dit rien), et dont quelques exemples d’espèces sont les méduses, les coraux, pour ceux qu’on connait tous, et les siphonophores, groseilles de mer et ceinture de vénus, pour ceux qu’on connait moins bien mais qui ont des noms qui claquent!
Le reste des eumétazoaires provient d’une lignée dont l’innovation évolutive principale est qu’ils possèdent une symétrie bilatérale, un plan de symétrie qui passe le long du corps pour le séparer en deux parties égales et qui permet de définir une partie droite et une partie gauche, un dos et un ventre, une partie antérieure et une partie postérieure. Du coup, il est assez compréhensible que ces animaux à la symétrie bilatérale soient regroupés sous le nom des bilatériens.
Les bilatériens ont acquis une ribambelle de caractères issus d’innovation évolutives: ils possèdent notamment une tête différenciée et un système nerveux central. Au passage, vous l’aurez peut-être remarqué: l’être humain appartient à la lignée des bilatériens.
Continuons à explorer le groupe des bilatériens: celui-ci est scindé en deux groupes extrêmement importants: le groupe des deutérostomiens, et le groupe des protostomiens. Je sais, je sais, c’est encore des gros mots… Mais si ça peut vous consoler, ces gros mots, au moins, sont beaucoup plus valides que ceux qu’on utilisait du temps de la classification classique: Cœlomates, Acœlomates, Pseudocœlomates… Il s’agissait de groupes qui avaient été déterminés sur l’absence de caractères évolutifs plutôt que la présence d’une innovation évolutive: le piège béta pas sans rappeler le problème qu’on a eu avec la distinction erronée entre procaryotes et eucaryotes…
Bref, qu’est-ce qu’on y trouve dans ces grandes lignées des bilatériens? Et bien les Deutérostomiens comportent des espèces assez connues, à commencer par nous les humains, représentant d’un groupe beaucoup plus large appelé chordé. Mais on y trouve aussi des étoiles de mers, des oursins et des concombres de mers.
Quelques exemples de Deutérostomiens
(A) Xenoturbellidé Xenoturbella bocki. (B) Salpe Salpa.
(C) Amphioxus Branchiostoma lanceolatum. (D) Enteropneuste Saccoglossus. (E) Pangolin Manis temminckii. (F) Etoile de mer Mediaster aequalis.
j’vous ai dit que c’est tiré de ma thèse?
Les Protostomiens, sans rentrer dans le détail, regroupent des animaux aussi divers que les mollusques, les vers annelés, les insectes et les crustacés…
Quelques exemples de Protostomiens
(A) Chaetognathe Eukrohnia. (B) Homard trapu Galathea strigosa.
(C) Annélide polychète Myrianida pachycera. (D) Escargot Architectonicida.
(E) Plathelminthe Pseudobiceros ferrugineus.
Non parce que c’est joli quoi!
Hop hop hop, minute papillon! Si les deutérostomiens regroupent les humains avec les oursins et les étoiles de mers, et qu’il s’agit d’un groupe monophylétique distinct des protostomiens, est-ce que ça veut dire qu’on est plus proche, en terme de parenté, d’un truc qui pique et qui broute les fonds marins par rapport à une fourmi, ou un poulpe au comportement mille fois plus complexe?
Les joyeuses retrouvailles entre un humain et un concombre de mer
Et ouaip, ça y’est, vous êtes fin prêt à découvrir certaines claques que la phylogénie moderne s’est permise d’infliger à l’égo tout puissant de l’être humain. Fini la place privilégiée d’Homo sapiens dans la nature: et oui, humain, il faut que tu acceptes enfin tes cousins un peu gogol dans ta famille proche à l’échelle des bilatériens.
Dans un futur proche, je publierai sur SSAFT une suite de jeux où je demanderai aux lecteurs de deviner, entre différentes espèces, “qui est plus proche de qui?” Je présenterai aussi des groupes qui n’existent plus dans la phylogénie moderne (spoilers: on parlera notamment de poissons, d’invertébrés et de reptiles), des groupes donc pour lesquels je vous expliquerai pourquoi ils n’ont pas de sens en phylogénie.
En gros, on n’arrêtera pas de parler de Phylogénie sur SSAFT. C’est une passion qu’il faut avoir dans la peau!
Une belle image qui a déjà pointé le bout de son grain de beauté sur SSAFT
Mais pour clore le sujet, j’ajoute quand même une dernière citation de Richard Dawkins qui est très à propos:
(et qui figure dans ma thèse! ouais je sais chuis lourd…)
Backward chronology in search of ancestors really can sensibly aim
towards a single distant target. […] Go backwards and, no matter where
you start, you end up celebrating the unity of life.
Richard Dawkins, The Ancestor’s Tale
Et cela donne en Français:
Parcourir notre chronologie à l’envers à la recherche d’ancêtres n’est voué qu’à trouver une très lointaine cible […] En remontant le temps, quel que soit le point dont on part, on finit toujours par célébrer l’unité du vivant
Richard Dawkins, Il était une fois nos ancêtres
Vu comme ça, c’est classe de travailler sur la classification du vivant, non?
Liens:
- Le documentaire Espèce d’espèces (extrait 1 & 2)
- Emission C’est Pas Sorcier sur la Théorie de l’évolution 1 & 2
Références:
- Lecointre G, Le Guyader H, Visset D: Classification phylogénétique du vivant, 3rd edn: Belin Paris; 2001
- Woese CR, Fox GE: Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences 1977, 74(11):5088.
- Miyata R, Noda N, Tamaki H, Kinjyo K, Aoyagi H, Uchiyama H, Tanaka H: Phylogenetic relationship of symbiotic archaea in the gut of the higher termite Nasutitermes takasagoensis fed with various carbon sources. Microbes and Environments 2007, 22(2):157-164.
- Mora C, Tittensor DP, Adl S, Simpson AGB, Worm B: How Many Species Are There on Earth and in the Ocean? Plos Biol 2011, 9(8):e1001127.
- Dawkins R, Wong Y: The ancestor’s tale: a pilgrimage to the dawn of evolution: Mariner Books; 2005.
Bonjour à tou-te-s!
Cet épisode constitue le 2e volet d’une saga en 3 épisodes proposée par notre ami Pierre Kerner, alias Taupo, chercheur en génétique évolutive et brillant vulgarisateur scientifique sur son blog Strange Stuff and Funky Things. Pierre a pris les commandes du podcast et nous parle de l’arbre du vivant.
Le dossier de la semaine
La quote de Mathieu
Men . . . have had the vanity to pretend that the whole creation was made for them, whilst in reality the whole creation does not suspect their existence. Camille Flammarion
Traduction libre: “Les hommes… Ils ont la vanité de croire que la création toute entière a été faite pour eux alors qu’en réalité, la création toute entière ne soupçonne pas leur existence”
Episode 3/3 en ligne la semaine prochaine. D’ici là, patience et bonne semaine!
(Cet article est publié en même temps sur SSAFT, le blog de Pierre Kerner)
On continue notre épopée fabuleuse à la découverte de l’arbre du vivant: la semaine dernière, nous avons exploré l’origine du vivant et la définition de vivant. On avait abouti à la conclusion que le vivant était d’une diversité incroyable et qu’une des aventures scientifiques les plus chaotiques a été celle qui a cherché à classifier le vivant. Aujourd’hui Alan et Mathieu de Podcast Science vont donc m’écouter raconter une histoire des classifications du Vivant jusqu’à aborder la méthode de classification actuelle: la phylogénie.
Histoire des classifications du Vivant
(Oui OK, j’viens de le dire, mais ça tape un peu plus en gros titre)
Maintenant les choses sont plus claires, et on a une vue d’ensemble de ce qu’est le vivant, mais les questions qu’on se pose sur le vivant ne s’arrêtent pas là: prenons la perspective d’un homme de l’antiquité, un érudit de son temps mais qui ignore beaucoup de chose sur la nature du vivant, le dénommé Aristote.
Il s’interroge sur le monde qui l’entoure et notamment sur tous les organismes vivants qui lui sont donnés d’observer. Il voit bien qu’il y a des différences entre une vache, un buisson, un poulet, un homme, une salade, une moule, une écrevisse, etc. Une envie folle de classifier tout ce bazar le prend. Mais comment s’y prendre? La première chose qu’il décide de faire, c’est de classer tous les organismes vivants selon qu’ils soient des plantes ou des animaux. C’est pas idiot et ça viendrait à l’esprit de tout le monde de distinguer des trucs qui bougent, qui mangent, qui émettent des sons, d’autres trucs immobiles et pas très causants. Instinctivement, quand on classe, on a tendance à regrouper ensemble des éléments qui partagent des caractéristiques communes. A la suite de cette première distinction, Aristote ne s’ intéresse pas vraiment aux plantes et se penche plutôt sur la classification des animaux. Pour les classer, il sépare les animaux en deux groupes: les animaux qui ont du sang, et ceux qui n’en ont pas (sur le coup, il s’est un peu chié dessus niveau observation mais faut pas lui en vouloir, y’avait pas wikipédia à l’époque…). Les animaux sanguinolents, il les sépare en cinq groupes: les animaux à quatre pattes vivipares, les oiseaux, les animaux à quatre pattes ovipares, les cétacés et enfin les poissons. Notons qu’il avait eu la supra classe de remarquer la différence entre poissons et baleines, et ça c’est fort pour un mec du 4ème siècle avant J.C.! Pour les animaux anémiques, il s’est dit que cinq groupes, ça ferait joli aussi, bien équitable et tout et tout. Du coup il les a séparés en Céphalopodes, Animaux avec segments (vers, etc…), Animaux à carapace molle (crabes et autres crustacés, Animaux à carapace dure (les huitres, les moules et les escargots…), et genre… tout le reste avec dans le même panier les étoiles de mer, les oursins, les éponges… tout ce qu’il considérait comme un lien entre le monde végétal et animal.
En fait, son mode de classification repose sur l’observation des organismes et la détermination de caractéristiques communes plus ou moins visibles. Pas bête on l’a dit mais tout de même assez arbitraire : pourquoi privilégier a priori les caractéristiques visibles par l’œil humain? Surtout qu’Aristote favorise les caractères qu’il trouve d’abord chez les humains et les recherche chez d’autres organismes. Ca nous donne une classification peut-être pratique selon un certain point de vue mais très anthropocentrique et qui ne reflète pas réellement l’histoire du vivant: il crée le groupe des invertébrés car ce sont des espèces sans vertèbres parce que l’humain, lui, le beau gosse, il en a une belle vertèbre. Par ailleurs, Aristote s’est aussi mis en tête d’organiser les organismes selon une échelle de complexité: une échelle des êtres, la Scala Naturae développée plus tard par Gottfried Leibniz. Selon Aristote, les êtres vivants suivent une gradation linéaire qui permet d’obtenir leur classification suivant leur degré de perfection: ça correspond à une échelle immuable donc chaque barreau représente un degré de perfection avec, en bas de l’échelle, les êtres les plus simples, et à son sommet, la perfection absolue: l’être humain dans toute sa splendeur. Vu que ça flatte pas mal notre égo, et qu’en plus c’est en parfaite adéquation avec la représentation judéo-chrétienne du monde, pas étonnant que cette échelle ait été conservée pendant des siècles.
Curieusement, cette manière de classer les êtres vivants est restée stable pendant des siècles, et les révolutions les plus importantes sont apparues… en botanique! Agacés par les erreurs de classification (certaines plantes portaient plusieurs noms, certains noms désignaient plusieurs plantes), certains botanistes du XVIème siècle ont décidé de faire la révolution et de classer les plantes… par ordre alphabétique. Ca semble encore plus aberrant car pour utiliser cette classification, il fallait connaître le nom de la plante à l’avance (et du coup, pourquoi l’utiliser…) mais cela a permis de donner un coup dans la fourmilière et de réveiller les esprits. Parce que la question sous-jacente à cette révolution c’était: “Ouais c’est p’tet con de faire ce genre de classification, mais qu’est ce qui fait qu’une classification est bonne alors?”.
Au XVIIIème siècle, un certain Carl von Linné non seulement établit une classification du vivant mais surtout détermine une méthodologie rigoureuse pour construire sa classification.
En gros, il considère que le vivant est une grosse bibliothèque: il sait pas trop comment tous ces livres sont arrivés là, mais c’est pas grave, on va les classer quand même et on va faire du boulot rigoureux.
Il crée par exemple la notion de niveaux hiérarchiques dans les classifications avec 7 rangs: règne, embranchement, classe, ordre, famille, genre, espèce. L’idée, c’est que ces niveaux hiérarchiques s’emboitent: l’espèce fait partie d’un genre qui fait partie d’une famille qui fait partie d’un ordre, etc. Linné appelle chaque rang un taxon, et la méthode pour ranger les espèces, la taxinomie.
“Mais pourquoi 7 taxons?” me demanderez-vous… Et bien parce qu’à l’époque on considère que le chiffre 7 est un chiffre parfait… Super la rigueur scientifique pour le coup. Il faut dire qu’à l’époque quand on réalisait une classification du vivant on avait bien l’intention de retrouver l’ordre de la création divine: du coup, mieux vaut que tout soit parfait comme le Big Boss l’aurait voulu. Au passage, il faut également remercier Linné pour la manière dont les scientifiques nomment les espèces: en effet, celles-ci suivent la nomenclature binominale où l’on ne donne que les noms des deux derniers niveaux, le genre et l’espèce, pour nommer un organisme. Exemple: Cyrtolobus funkhouseri, le plus funky des membracidés est un insecte du genre Cyrtolobus et dont l’espèce est funkhouseri et dont la bouille ressemble à ça:
A partir de Linné, les méthodes de classification s’affinent. Pour réaliser les groupes d’espèces qui vont rentrer dans chaque rang hiérarchique, les chercheurs de l’époque vont observer des caractères et, selon qu’ils sont similaires ou différents entre les espèces, les organiser en différents groupes. Comme l’avait déjà fait Aristote mais cette fois-ci de manière un peu plus raisonnée. Bien sûr, si on prend n’importe quel caractère, comme la couleur, la taille, le nombre de poils dans les narines, on risque d’obtenir des classifications très différentes.
Pour obtenir des classifications plus robustes, il faut attendre Bernard de Jussieu et Antoine Laurent de Jussieu qui vont imposer des classifications botaniques beaucoup plus rigoureuses car ils vont donner des valeurs aux caractères et chercher les caractères les plus constants entre espèces: si, dans un pré, toutes les fleurs ont des couleurs différentes, ce n’est pas un bon caractère pour les classer. Si par contre, de nombreuses fleurs ont le même nombre de pétales, ce caractère-là est beaucoup plus informatif.
En zoologie, c’est Georges Cuvier (moins connu sous les noms de Jean Léopold Nicolas Frédéric Dagobert Chrétien Cuvier) qui va appliquer la méthode des Jussieu à la classification des animaux. Cependant, le vivant est toujours perçu comme une création divine et le travail du classificateur, c’est encore de retrouver cette organisation! Dieu a créé toutes les espèces au moment de la création et les chercheurs vont tâcher de retrouver l’ordre parfait selon lequel s’organisent ces espèces.
Puis arrive le siècle des Lumières et avec lui, son lot d’idées révolutionnaires qui vont notamment bouleverser la conception du vivant et du coup notre manière de l’appréhender, le comprendre et enfin le classer. L’énorme changement qui fout complètement le bordel chez les scientifiques, c’est la remise en question du fixisme des espèces. Et si, comme le proposa Lamarck, les êtres vivants se transforment au cours du temps, et que, génération après génération, ils génèrent ainsi de nouvelles espèces?
Grâce à Lamarck (moins connu sous les noms de Jean-Baptiste Pierre Antoine de Monet, chevalier de Lamarck), non seulement on se passe de l’intervention divine pour organiser le vivant, mais en plus, on envisage que les espèces se transforment: la nature n’est plus fixe, comme le concevait Cuvier, mais changeante! En plus, l’idée du transformisme fait rentrer la notion de temps dans la classification du vivant. Pour classer les espèces, il faudra retrouver comment elles se sont changées les unes dans les autres au cours du temps.
Cette idée est brillante… et vraie! Là où s’est planté le pauvre Lamarck, c’est sur la manière dont il a envisagé que les espèces se transforment en d’autres espèces. Selon lui, les caractères acquis au cours de la vie sont transmis à la descendance et c’est ça qui fait que les êtres vivants, et les espèces à grande échelle, se transforment: c’est l’hérédité des caractères acquis.
Par exemple, selon Lamarck, si on prend l’espèce ancestrale de la girafe, une espèce au cou de petite taille, les individus de cette espèces qui cherchaient à manger les feuilles les plus hautes des arbres se retrouvaient avec un cou légèrement plus grand et transmettraient ce caractère à leurs descendants. Et au fil des générations, ce caractère se serait exacerbé jusqu’à donner les cous invraisemblables des girafes actuelles.
Selon Lamarck, pour résumer, les espèces acquièrent de nouveaux organes, les modifient ou en perdent pour s’adapter au milieu dans lequel ils vivent, puis transmettent se caractère à leur descendance.
Malheureusement pour Lamarck, son idée séduisante ne reflète pas ce qui se passe véritablement dans la nature. Pour le tester, rien de plus simple: prenez une population de lézards, coupez-leur les membres, faites-les se reproduire et observez si leur descendance n’a plus de pattes (ou même des pattes plus petites). Vous pouvez répéter cette expérience de nombreuses fois: il y a de fortes chances pour que vous obteniez une population avec quelques lézards à pattes courtes, mais aussi des lézards à grandes pattes. Le fait est que les populations ne suivent pas une direction inhérente quand ils se reproduisent: elles varient! Et ça Lamarck avait du mal à le concevoir parce qu’il travaillait surtout dans des musées et ménageries. Là où, il fallait aller, c’est à la ferme! Et c’est exactement ce qu’a fait Charles Darwin!
De retour d’un voyage en bateau à travers le monde, Charles Darwin (moins connu sous le nom de Charles Robert Darwin… C’est lourd?… bon OK, j’arrête), au lieu de s’enfermer dans son bureau, enfile ses bottes, et va poser de nombreuses questions à des fermiers et des éleveurs. C’est grâce à eux qu’il va attacher une grande importance aux variations qui existent entre les individus d’une même espèce. Pour lui, avant de considérer l’espèce, il faut considérer les variations qui existent entre les individus. A ses yeux, c’est uniquement la moyenne de ces variations qui donne une certaine idée de ce qu’est une espèce. Lamarck considérait que les espèces étaient caractérisées par une sorte d’essence, une image parfaite de l’espèce dont certains individus déviaient. Pour lui, les variations sont des aberrations par rapport à un plan idéal. Ce serait comme dire que, sous prétexte que la majorité des individus humains sont bruns l’espèce humaine est brune. Darwin retourne cette idée sur elle-même: les espèces ne sont qu’une collection d’individus très semblables car très proches sur le plan de la parenté. Cependant, tous les individus d’une espèce sont sujets à des variations et le concept d’espèce n’est qu’une norme qu’on applique aux populations d’individus qui la constituent. En reprenant l’exemple des cheveux, Darwin aurait simplement remarqué que le caractère de la couleur des cheveux varie entre les différents individus de l’espèce humaine.
La suite, étalée sur plusieurs décennies, c’est la rédaction lente d’une théorie qui va bouleverser la science du vivant. Charles Darwin va comprendre et démontrer que, dans des conditions de l’environnement et un moment donnés, certains variants au sein d’une espèce sont avantagés et deviennent plus nombreux parce qu’ils laissent plus de descendants que les variants compétiteurs. Les variations sont sélectionnées à chaque génération et la population évolue au cours de sa généalogie, parfois jusqu’à se scinder en plusieurs espèces. De plus, Darwin comprend que la ressemblance entre certaines espèces est due à des caractères hérités d’une espèce ancestrale. Il y a des liens entre les individus composant une espèce mais aussi des liens entres les espèces. Et ces liens sont de même nature : la parenté. Deux espèces distinctes peuvent être sœurs ou cousines du premier, second, troisième degré. Exemple: Nous humains, sommes cousins des chimpanzés. Et le groupe Humain-Chimpanzé est cousin, d’un plus lointain cousinage, avec les macaques. Enfin, grâce à Charles Darwin, on peut enfin fonder la classification du vivant selon un processus naturel véritable: celui de l’évolution! Darwin comprend que la ressemblance entre certaines espèces est due à des caractères hérités d’une espèce ancestrale et qu’une classification naturelle du vivant doit donc être fondée sur une recherche de parenté. La classification du vivant devient le reflet de la très longue histoire du vivant, c’est à dire une sorte de généalogie. Et pour représenter cette classification, Darwin ne pense pas à un sommaire au début de nombreux volumes poussiéreux, ni à une échelle pour représenter l’ascension du vivant vers la complexité. Pour Darwin, il faut représenter les classifications sous forme d’arbre, pour représenter ainsi les liens de parentés entre les êtres vivants… Un arbre évolutif:
La Phylogénie
A partir de ce moment, on pourrait penser que tous les scientifiques de la terre entière allaient se mettre à travailler, main dans la main, à la réalisation d’une classification du vivant de la mort qui tue! Et bien non, ça a trainé pas mal, notamment parce que toute la communauté scientifique ne s’est pas mise à appliquer la théorie de l’Evolution à la lettre pour établir les classifications. Au final, l’organisation divine ou le Lamarckisme ont eu la peau dure et il a fallu attendre les années 50 pour qu’un certain Willi Hennig (Emil Hans… j’m’en fous, c’est mon blog…) jette les fondements d’une méthodologie rigoureuse pour réaliser une classification naturelle du vivant.
Cette méthode, Willi Hennig la nomme la cladistique et c’est la méthode que les chercheurs continuent à utiliser pour classifier le vivant, pour établir les liens de parenté entre les êtres vivants.
L’idéal pour établir les liens de parentés entre les êtres vivants, ce serait d’établir une généalogie complète de chaque organisme vivant. Mais malheureusement pour les chercheurs, ni les bactéries, ni les arbres, ni les moustiques et encore moins les ornithorynques n’ont gardé un registre d’état-civil pour pouvoir déterminer qui étaient leurs ancêtres. Allez hop, flemmards de chercheurs, va falloir réfléchir à une autre solution là! A défaut de pouvoir établir une généalogie, il va falloir essayer de deviner quels sont les liens de parentés sans avoir au préalable établi une généalogie complète. On va donc essayer de répondre à la question «Qui est plus proche de qui?». Imaginez un peu Colombo face à une trentaine de d’individus qu’il doit regrouper, sans consulter leur registre d’état-civil, en fonction de leur parenté. Est-ce que Mr. A est le cousin germain du 3ème degré de Mr. X? Dur, dur. Et à votre avis, quelle va être la méthode de déduction que va utiliser Colombo pour déterminer ces liens de parentés? Et bien c’est une méthode absolument pas du tout nouvelle: c’est la similitude! Colombo va regarder la couleur des yeux, de la peau, des cheveux, la taille, la forme du visage, etc. et tout ça pour regrouper les suspects en fonction des similitudes qui les relient. L’idée sous-jacente est que plus les individus se ressemblent, plus il y a de chance qu’ils aient des liens de parenté forts par rapport aux autres, que moins de générations les séparent d’un ancêtre commun par rapport au reste des individus.
Il faut que je fasse une petite pause là, pour appuyer un peu sur ce que je viens de dire. C’est crucial! Ce que vous devez enfin réaliser, c’est qu’on a fait des bons gigantesques en terme de philosophie sous-jacente des classifications du vivant, en abandonnant toute idée d’anthropocentrisme, d’ordre divin, ou de hiérarchie du vivant. On se base sur une donnée pertinente : l’évolution des organismes vivants et des espèces, qu’on considère comme une famille dont on essaie de comprendre l’histoire. Mais en ce qui concerne la méthodologie, le concept de base, vous devez commencer à vous rendre compte qu’il est souvent le même: la ressemblance.
Mais avec la méthode qu’on appelle cladistique ou phylogénie, on cherche des ressemblances qui proviennent d’un ancêtre commun. On appelle ça des caractères homologues, c’est-à-dire des caractères dont la similitude est expliquée par leur transmission héréditaire, au fil des générations d’individus et d’une espèce à une autre. Exemple, chez les animaux vertébrés, la mâchoire est un caractère d’homologie… Tous les animaux qui possèdent une mâchoire, l’ont hérité d’un ancêtre commun.
Bien sûr il faut être prudent et il y a toujours place à l’erreur! Il existe des similitudes qui ne sont pas héritées d’un ancêtre commun. Ce n’est donc pas un caractère homologue et on parle alors de convergence évolutive. L’exemple le plus illustre chez les animaux est l’aile.
Il est très improbable (et à vrai dire, soyons fou, disons qu’il n’est pas possible) que tous les animaux ailés aient acquis le caractère “aile” d’un ancêtre commun. L’ancêtre commun des mouches, des chauves-souris, des pigeons et des poissons-volants n’avait certainement pas d’ailes et n’a pas transmis ce caractère qui aurait été maintenu, de générations en générations, chez toutes ces différentes espèces. Ce caractère particulier est survenu plusieurs fois au cours de l’évolution au hasard des variations et des sélections de ces variations.
Le jeu, ça va être donc de chercher chez différents espèces des caractères homologues car issus d’un ancêtre commun.
Donc pour résumer, aujourd’hui, la classification des êtres vivants consiste à rassembler les espèces ou ensembles d’espèces en groupes en fonction de la parenté et ces regroupements doivent être faits sur la base de caractères homologues, c’est-à-dire de caractères qui se ressemblent car hérités d’un ancêtre commun.
Attention cependant, il faut être précis en parlant de caractères homologues. La méthodologie de la phylogénétique selon Willi Hennig c’est de ne plus de se contenter de chercher des caractères similaires et différents pour faire ses classifications: ce qu’il cherche, ce sont des caractères avec deux états: primitif et dérivé, ou encore un caractère ancestral et un caractère modifié par une innovation évolutive. Exemple: dans l’échantillon des tétrapodes, un bon caractère va être celui du membre dont l’état ancestral est une nageoire et l’état dérivé, une patte. C’est une des bases de la phylogénie. Grâce à cette idée, on est à la recherche de caractères issus d’innovation évolutive et qu’on va utiliser pour faire nos groupes. L’idée, c’est qu’un caractère issu d’une innovation évolutive a été transmis par un ancêtre à toute sa descendance.
Bon maintenant, il va falloir être franc, tous les chercheurs qui se mettent à vouloir classifier les espèces ne s’attèlent pas à l’ensemble du vivant: non seulement c’est une tâche gargantuesque (on a recensé plus d’1 749 577 de différentes espèces vivantes) mais en plus trouver des caractères d’homologie devient un casse-tête insoluble si on veut considérer toutes les espèces. Ce qu’on fait donc, c’est toujours se concentrer sur un échantillon d’espèce. Et après on donne sa petite contribution à la grande classification de tout le vivant.
Bien sûr on ne se limite pas à un seul caractère. On en cherche plein pour réaliser nos groupes. Mais l’idée c’est qu’à la fin de notre étude, les groupes soient définis par un ensemble de caractère dérivés, par un ensemble d’innovations évolutives. Grâce à cela, nos groupes sont considérés comme représentant un ancêtre hypothétique et l’ensemble de sa descendance: des groupes qu’on appelle monophylétiques. La phylogénie revient donc à déterminer, dans un échantillon d’espèces, comment celles-ci peuvent être regroupées en différents groupes monophylétiques.
Malheureusement, il est très difficile d’expliquer comment construire une phylogénie sans se mettre à en construire une soi-même. Faut pas le cacher, c’est un pas un exercice des plus Funky… Heureusement, un blog ami, le blog de Jean-Philippe Colin, contient plusieurs articles sur la question où Jean-Philippe a notamment tenté de faire la première classification phylogénétique des êtres fantastiques (les elfes, orques, hobbits, etc…). Je vous invite donc à consulter ces liens pour vous familiariser avec le travail d’un phylogénéticien (1, 2, 3 et 4)
Au fait, pour trouver les caractères homologues entre les espèces, il y a plein de perspectives possibles: l’observation morphologique comme le font les Paléontologues, l’observation des gènes comme le font les Généticiens… donc ce qu’il faut garder en tête ici, c’est que la classification du vivant est toujours remise en cause par les nouvelles découvertes que l’on fait en biologie, que ce soit en paléontologie avec la découverte de nouveaux fossiles aux caractères jamais rencontrés, ou encore en génétique, biologie du développement, etc… Mais une chose reste constante depuis plusieurs décennies: la méthode et le fondement naturel des phylogénies. Et ça, c’est une acquisition inestimable dans l’histoire de la classification du vivant.
La semaine prochaine viendra le moment tant attendu, le moment où l’on va explorer ensemble, la Classification phylogénétique du vivant, selon les données les plus récentes.
Liens:
La classification d’Aristote
Les articles de JP Colin (1, 2, 3 et 4)
Références:
Lecointre G, Le Guyader H, Visset D: Classification phylogénétique du vivant, 3rd edn: Belin Paris; 2001
Darwin C: On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life, 1st ed. edn: London: John Murray; 1859.
Bonjour à tou-te-s!
Cet épisode constitue le 1er volet d’une saga en 3 épisodes proposée par notre ami Pierre Kerner, alias Taupo, chercheur en génétique évolutive et brillant vulgarisateur scientifique sur son blog Strange Stuff and Funky Things. Pierre a pris les commandes du podcast et nous parle de l’arbre du vivant
Le dossier de la semaine
L’interlude de Mathieu pour se changer les idées
- L’anti-matière interdit le voyage dans le temps: http://www.dailymotion.com/video/x4yh6c_le-temps-et-sa-fleche_tech
La quote de Mathieu
The origin of life (abiogenesis) has nothing to do with the theory of evolution – auteur inconnu
Traduction: “l’origine de la vie (abiogenèse) n’a rien à voir avec la théorie de l’évolution”
(Tiré d’une vidéo formidable sur l’abiogenèse, que Pierre a traduite en français et publiée dans le dossier)
Episode 2/3 en ligne la semaine prochaine. D’ici là, patience et bonne semaine!
A la fin de l’interview que j’ai donnée pour Podcast Science, Mathieu et Alan ont évoqué quelques questions auxquelles ils auraient aimé que j’apporte des réponses. Il y avait notamment une question de Mathieu (quelle est la distinction entre animal/organisme vivant/organisme unicellulaire/métazoaire… et les lignées évolutives associées à ces organismes) à laquelle je n’ai pas pu apporter de réponses par manque de temps et je pense qu’on a tous été un peu frustrés de ne pas en parler. A leur demande et pour mon plus grand plaisir, je vais donc vous parler de l’arbre du vivant.
Une histoire de l’origine du Vivant
Commençons d’abord par effectuer un voyage dans le temps et imaginons qu’on puisse assister à l’émergence du vivant. On ne sait pas très bien quand ni où cet évènement a eu lieu: probablement il y a plus de 3,5 milliards d’années et sur la Terre. Il est aussi plus que probable que cet évènement ait eu lieu dans de l’eau. Donc imaginons qu’on puisse mettre la tête sous l’eau pour observer ce qui se passait à l’époque: qu’est-ce qu’on y trouverait avant l’émergence du vivant? Et bien plein de choses! Certains points d’eau ont pu, dans des conditions particulières, accumuler tout un tas de molécules de plus en plus complexes. On peut y trouver par exemple des nucléotides, ces molécules qui, mises bout à bout forment des chaînes qu’on appelle les acides nucléiques (ADN/ARN):
On y trouve aussi des acides aminés, qui peuvent aussi être liés les uns aux autres pour former des chaînes appelés peptides (les plus petites protéines).
Et enfin, on y trouve des lipides, des molécules qui peuvent s’organiser spontanément en petite bulles… de gras: 
Avec tous ces ingrédients mélangés, pas étonnant qu’on appelle ce milieu à l’origine du vivant une soupe. La soupe prébiotique pour être précis: y’a du gras, des petits bouts de protéines et même des fragments de brins d’ADN et d’ARN pour le fumet. C’est une bonne partie des ingrédients qui constituent les êtres vivants tels qu’on les connait aujourd’hui, des ingrédients qu’on appelle macro-molécules (un joli nom pour parler de molécules catégorie poids lourd). Ces macro-molécules font des choses assez improbables comme interagir entre elles ou s’auto-organiser avec l’exemple des bulles que forment spontanément les lipides dans un milieu agité. Au final, cette soupe prébiotique est le théâtre d’une chimie qui va dans toutes les directions. Les lecteurs de mon blog SSAFT, savent que j’aime à illustrer mes articles avec une ribambelle d’images et vidéos. Je me suis donc donné comme défi de chercher à illustrer ce Podcast avec des sons. Et pour illustrer la chimie prébiotique, voici le son que j’ai choisi:
C’est l’illustration des interactions aléatoires de ces molécules, au gré des forces physiques et chimiques qui règnent dans leur environnement. En gros, c’est le souk, tout part dans tous les sens et le peu de structure organisée qui se crée est vite fait décomposé. En plus, pour que des acides nucléiques et des protéines s’auto-assemblent, il faut que les briques élémentaires qui les composent (nucléotides et acides aminés) soient toujours disponibles dans la proximité de l’assemblage parce que pour l’instant, c’est comme si un constructeur devait faire l’aller-retour entre l’usine à brique et son chantier pour bâtir sa maison. Ce serait donc bien pratique si tous ces éléments essentiels étaient enfermés dans une bulle de lipides: on obtiendrait un milieu extrêmement favorable pour de la chimie de haute voltige et des assemblages de plus en plus complexes et stables. C’est ce qui s’est très probablement produit au sein de notre soupe prébiotique: des assemblages fortuits de briques élémentaires de macro-molécules enfermés dans une couche de lipide. On a là le précurseur d’une cellule vivante: l’émergence d’une proto-cellule que l’on peut illustrer de manière sonore comme ceci:
Maintenant qu’on a été témoin de l’émergence de ces proto-cellules, on peut se demander ce qu’elles font. Et bien comme ces bulles de lipides sont un peu perméables, elles peuvent capter de l’environnement externe les briques élémentaires qui passent près d’elles. Si elles croisent des nucléotides et des acides aminés, hop, ils se faufilent à travers les lipides et se retrouvent assemblés dans de grosses chaînes d’ADN ou de protéines qui sont trop volumineuses pour ressortir. Et si elles croisent des lipides, zou, à la surface pour une bulle de plus en plus grande. Au final, ce qu’elles font, ces proto-cellules, c’est s’offrir un gueuleton! C’est ce qu’on appelle le métabolisme de la cellule et c’est ce qui va leur conférer une autonomie de plus en plus importante.
Et puis quand à un certain moment, ces proto cellules se sont bien gavées et sont devenues bien grosses, il est fort probable que les bulles se soient fragmentées, se séparant en deux bulles portant chacune une partie du butin accumulé. Dans ce butin, il y a les fameux acides nucléiques alias ADN et ARN composés de nucléotides. Chaque molécule d’acide nucléique varie en fonction de l’ordre dans lequel sont assemblés les nucléotides qui les composent. L’ADN et l’ARN sont aussi capables de former des assemblages complémentaires, des assemblages de deux molécules qui une fois séparées contiennent l’information nécessaire à la reproduction de leur molécule complémentaire. C’est pour ça qu’on considère que l’ADN et l’ARN sont les molécules à la base de la reproduction.
Revenons à nos proto-cellules pour illustrer le phénomène: une grosse proto-cellule est sur le point de se diviser tant elle est volumineuse. En son sein, deux molécules d’ADN complémentaires se sont lentement assemblées. Chacune contient l’information pour reproduire la molécule complémentaire. Après la division, chaque molécule d’ADN se retrouve isolée dans une nouvelle proto-cellule plus petite, et chacune va pouvoir permettre l’assemblage de sa molécule complémentaire. Il y a donc eu hérédité d’une information: l’information génétique et la reproduction, main dans la main, viennent d’émerger au sein des proto-cellule et on peut illustrer le phénomène de la manière suivante:
Mais si les proto-cellules étaient uniquement capables de se dupliquer à l’identique, voilà quelle serait la situation sur terre, même après des milliards d’années:
C’est presque aussi agaçant que le son que j’ai utilise pour la soupe pré-biotique, hein? Heureusement pour nous, chaque processus de réplication n’est pas 100% fidèle. Les divisions ne sont pas parfaitement symétriques et des erreurs peuvent se glisser lors de la construction des molécules d’ADN complémentaires. En d’autres termes, les cellules qui se répliquent créent inévitablement des variants. Et ça, c’est la biodiversité, ce fantastique phénomène que j’illustrerai de la manière suivante.
Chaque variant maintenant possède une copie unique d’ADN. Et chaque variant va se dupliquer. Seulement il y a des variants qui vont peut-être se dupliquer plus vite, de manière plus efficace, etc… Et ceux-ci vont se trouver en plus grand nombre parmi les proto-cellules. Et puis il y a ceux dont les molécules d’ADN ou d’ARN vont, en fonction de l’information qu’elles portent, réaliser des processus favorisant soit la duplication, soit la vitesse de réplication de leurs macro-molécules, soit carrément des processus pour aller grailler directement une autre proto-cellule plutôt que se casser la tête à piocher dans la soupe chaque brique… Là, au cas où vous l’avez pas compris, je suis en train de vous décrire les premiers pas de ces proto-cellules dans la grande aventure de l’évolution: les variants subissent une sélection et certains vont pouvoir se reproduire et d’autre pas. C’est l’influence de la sélection naturelle sur la biodiversité, menant à l’évolution de ces premiers organismes vivants au fil des générations.
Tout ce dont je viens de vous parler, c’est une présentation extrêmement simplifiée de l’origine du vivant, un domaine scientifique qui s’appelle l’abiogenèse. J’ai évité de rentrer dans le détail parce qu’il y a beaucoup de choses dont on va parler aujourd’hui, mais je vous ai tout de même préparé une traduction d’une vidéo très bien faite sur le sujet:
La définition du Vivant
Au final, en vous décrivant les étapes de l’émergence des organismes vivants, je vous ai aussi décrit les différents critères qui rentrent dans la définition la plus largement acceptée du vivant. En effet, le vivant peut se définir par différentes capacités:
- Capacité à croître
- Capacité à se nourrir
- Capacité à se reproduire
- Capacité à évoluer.
Cependant, j’aimerais faire une mise en garde sur les définitions. Une définition, si précise soit-elle, ne garantit pas une représentation fidèle de la réalité. C’est surtout le cas en biologie car souvent, les définitions s’effondrent quand on éprouve leurs limites. J’ai d’ailleurs trouvé une “quote” parfaitement adéquate (pour voler un peu la vedette à Mathieu). C’est une citation de Richard Dawkins dans son ouvrage le gène égoïste et qui donne en Anglais:
Human suffering has been caused because too many of us cannot grasp that words are only tools for our use, and that the mere presence in the dictionary of a word [like 'living'] does not mean it necessarily has to refer to something definite in the real world. Richard Dawkins, The Selfish Gene
La traduction étant: Beaucoup de tort a été fait parce que la majorité d’entre nous n’arrive pas à accepter que les mots sont uniquement des outils pour notre usage, et que leur seule présence dans un dictionnaire, comme pour le mot vivant, ne signifie pas nécessairement qu’il se réfère à quelque chose de concret dans le monde réel.
En ce qui concerne la définition du vivant, ses limites proviennent du fait que la vie n’est pas une substance aux propriétés éternelles: la vie, c’est un processus. Et définir ce processus revient à décrire ses caractéristiques telles qu’on les rencontre chez les organismes vivants actuels, c’est à dire les capacités énoncées précédemment: au cours du processus de la vie on peut observer des phénomènes de croissance, d’ingestion, de réplication et d’évolution. Mais pour chacune de ces caractéristiques, on va vite rencontrer des exceptions problématiques, comme le cas des hybrides stériles par exemple: un mulet, sous prétexte qu’il n’est pas capable de se reproduire, devrait-il être exclu du vivant?
Le cas le plus célèbre d’entités dont on ne sait s’il faut les exclure ou les inclure dans le vivant, est celui des virus. Aujourd’hui, sur Terre, tous les organismes qu’on considère comme vivant ont leur information génétique contenue dans des acides nucléiques (ADN/ARN). Les virus possèdent une information génétique de la même nature. Ils ont un génome. Cependant, comme ils ne sont pas autonomes et qu’ils n’ont pas la capacité de se reproduire sans infecter d’abord une cellule, de nombreux scientifiques choisissent de les exclure du vivant. Mais au final, est-ce que les virus ne pourraient pas représenter un domaine altéré du vivant?
Il y a de nombreux scénarios qui se penchent sur l’origine des virus: certains pensent qu’il s’agit des descendants des premiers balbutiements de la vie: de la proto-vie ayant été maintenue en évoluant grâce à leur capacité à parasiter des cellules. D’autres pensent que les virus sont des organismes parasites tellement modifiés qu’ils ont perdu leurs capacités à croître et à se reproduire. Dans ces deux cas de figures, exclure les virus de la vie semble un choix subjectif.
Par contre, si on relâche la définition, on se trouve à inclure, au sein du vivant, des substances incongrues.
C’est pas exemple le cas des cristaux de silices dans une solution. Ceux-ci sont capables de s’organiser spontanément et donc de croitre, de se répliquer une fois brisés et leur structure peut également contenir des variations héréditaires. La seule chose dont n’est pas capable un cristal, c’est une forme d’autonomie grâce à un métabolisme… mais c’est le cas des virus aussi! Bref, c’est le bazar… le bazar du vivant!
Bon, pour les besoins du Podcast, restons avec notre définition où l’on considère la cellule, avec ses quatre capacités, comme l’unité fondamentale de la vie et où les plus petits organismes vivants sont formés d’au moins une cellule: des organismes aussi différents qu’une levure (qui est un organisme unicellulaire) ou encore une fougère ou un éléphant sont tous considérés, selon cette définition, comme des êtres vivants.
Donc vous le voyez bien, même si on restreint l’ensemble du vivant avec cette définition, ça nous fait un sacré paquet d’organismes vivants qui existent sur notre planète! Evidemment, il n’est pas question de considérer qu’un organisme est plus ou moins vivant par rapport à d’autres. En revanche force est de constater que dans la besace du vivant, il y a une foultitude d’espèces extrêmement différentes, et qu’elles sont extrêmement variées. Il est tout à fait instinctif de vouloir comprendre cette diversité du vivant et de tenter de la raisonner… en la classifiant.
Et c’est ce qu’on s’attachera à faire, ensemble, la semaine prochaine.
Liens:
- Sons réalisés grâce à Tone Matrix Les cristaux à l’origine de la vie
Références:
- McKay CP: What Is Life—and How Do We Search for It in Other Worlds? Plos Biol 2004, 2(9):e302.
- Dawkins R: The selfish gene: Oxford University Press, USA; 2006.
L’interview de la semaine
Cette semaine, nous avons la chance de recevoir – ou plutôt d’être reçus – par quelqu’un d’extrêmement intéressant, aux facettes multiples et complètement improbables. Nous avions envie de faire sa connaissance depuis un moment et Alan a eu la chance de se trouver à ses côtés, chez lui, à New York, sur Roosevelt Island, au milieu de l’East River, entre Manhattan et le Queens.
Pour certains, notre invité est le prolifique Dr Pierre Kerner, éminent chercheur en génétique évolutive, auteur de nombreux papiers aux titres impossibles (au hasard: “Origine et diversification de la famille de gènes basiques hélice-boucle-hélice chez les métazoaires: apports de la génomique comparative” ou encore “Histoire évolutive des gènes Iroquois/Irx chez les métazoaires”)
Pour d’autres (probablement la majorité), il est le génial Taupo, créateur et auteur principal du blog le plus funky de la planète après Boing Boing, j’ai nommé “Strange Stuff and Funky Things” (le blog est en français, et si vous ne le connaissez pas il est urgent de lui rendre une petite visite.) De l’aveu de son créateur, vous y trouvez “votre dose quotidienne d’évènements étranges, de faits surprenants, de choses incroyables!” http://www.ssaft.com/
Non seulement les sujets sont aussi décalés que passionnants, mais ils sont également remarquablement écrits! Avec finesse, humour, beaucoup d’esprit et c’est non seulement très intelligent, mais encore à la portée de tous, vraiment. Un modèle de vulgarisation!
Il s’agit d’un scientifique brillant doublé d’un poète marrant. On aurait bien aimé qu’il soit moche ou désagréable… Pour compenser… Mais bon, c’est mal barré alors on va conclure cette petite intro autrement, en indiquant par exemple que Pierre/Taupo nous aime bien et prend souvent la peine de commenter nos émissions pour apporter des précisions, ajouter ses trouvailles personnelles (souvent complètement funky, comme son blog) ou alors carrément pour nous enguirlander quand nous racontons n’importe quoi.
Podcast Science est sans doute le seul podcast amateur revu et corrigé par des pros, nous avons de la chance.
Un immense merci à lui de s’être prêté au jeu de l’interview.
Les liens évoqués pendant l’émission:
- Le dossier de Taupo sur les peluches de nombril
- Strange Stuff and Funky Things, le blog
- Taupo sur Twitter : @pierrekerner
- La page Facebook de Strange Stuff and Funky Things
- C@fé des Sciences
- Strip Science (adresse du groupe de discussion)
- Agoravox
- Même Esprit, le blog de Stéphane et de ses potes
- Le blog d’Alain Prunier, illustrateur des futures aventures de Taupo
La quote de la semaine de Mathieu
Soufflée ce mois-ci par Pierre Kerner justement:
“Our brains have evolved to the point where we are capable of rebelling against our selfish genes. The fact that we can do so is made obvious by our use of contraceptives” Richard Dawkins
Traduction libre: “Nos cerveaux ont évolué au point d’être capables de se rebeller contre nos gènes égoïstes. Cela est rendu évident par notre utilisation des contraceptifs” Richard Dawkins
Bonne écoute!
Prochain enregistrement le mercredi 8 juin 2011
Podcast Science 39 - Strange Stuff and Funky Things [ 1:23:16 | 76.25 MB ] Play Now | Play in Popup | Download (3520)Un invité exceptionnel cette semaine, Pierre Kerner alias Taupo, chercheur en génétique évolutive et créateur (et principal contributeur) du savoureux blog Strange Stuff and Funky Things. Episode enregistré en duplex de New-York et Barcelone.
Derniers commentaires