Podcast Science 223 – CRISPR

On 28.06.2015, in Notes d'émission, by Podcast Science
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A la découverte d’une nouvelle méthode qui chamboule la recherche en génétique avec Pierre Kerner et Vran

Les dossiers de la semaine

» Le dossier écrit sur Crispr par Vran et Pierre Kerner

Les images de la soirée

 

Les quotes de la semaine par Aline

“La médecine fait mourir plus longtemps.” – Plutarque

“La physique mathématique et la biologie moléculaire sont la poésie d’aujourd’hui. Ce sont elles qui traduisent et qui façonnent le monde et elles soulèvent chez les jeunes gens l’enthousiasme qui venait hier des poètes.” – Jean Lefèvre, comte d’ Ormesson
“La science moderne est un admirable monument qui fait honneur à l’espèce humaine et qui compense (un peu) l’immensité de sa bêtise guerrière.” – Hubert Reeves – L’espace prend la forme de mon regard

La prochaine fois

Mardi 23 juin – Freestyle #15
mulloy2_400x400A l’occasion de ce freestyle, nous aurons le plaisir de recevoir Antoine Blanchard (@Enroweb), notamment co-fondateur de deuxième labo et du café des sciences (dans les mains aujourd’hui de notre bien aimé ex-dictateur). Il va nous parler désintermédiation, de co-production des contenus, de sagesse des foules, de communautés, d’agrégation et de curation… Autant de concepts qu’il couvre dans le cours de Communication Scientifique et Technique qu’il donne à l’Université Paris-Diderot dans le cadre du Diplôme Universitaire « Médiation scientifique innovante ». On aura également le plaisir de retrouver un blog audio de notre ami Fred, une rubrique fail de Robin (qui sait ?), et bien sûr un tas de messages d’auditeurs ! On vous attend nombreux dans la chatroom pour interagir avec notre invité et nous. Dernière occasion de l’année !


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  • Anonyme

    Sujet fascinant. Surement l’un des épisodes les plus interessant de podcast science. Merci.

  • Krit

    Merci pour ce podcast. Je vous écoute depuis le début et je pense que c’est le meilleur.

  • Gwodry

    Bonjour,
    J’ai une question d’ordre général. Il a été dit par Pierre que 40 % des bactéries testées portent constitutionnellement le système CRISPR/Cas et ainsi que 90 % des archées. Quelles informations de phylogénie avons nous pour comprendre la place de ce mécanisme dans l’évolution ? Si l’on rapporte le taux de présence des bactéries à celui des archées, doit on considérer que ce système progresse chez les bactéries ou qu’il régresse ? Les 40 % observés sont ils d’ailleurs opposables aux 90 % ? 40 % de 10 000 souches testées est une valeur plus robuste que 90 % de 200 souches, par exemple. Dans le même ordre d’idée, le fait de trouver ce système dans des embranchements aussi distants dans l’arbre du vivant doit il nous surprendre ? Que cache cette uniformité ? Il est assez fréquent que des fonctions importantes de la machinerie cellulaire aient été ré-inventées plusieurs fois. Dans la vidéo suivante, Marc Fontecave, professeur au Collège de France explique comment 3 systèmes enzymatiques différents existent dans le vivant pour la fonction de ribonucléase, la transformation du ribose en désoxyribose qui permet le passage du monde ARN au monde ADN (http://www.college-de-france.fr/site/marc-fontecave/course-2011-06-01-10h00.htm).

    Cordialement,

    Gwodry

  • Mikaël Tournier

    Crispr outil ultra puissant génial qui dans les mains d’un quidam
    malveillant ou juste d’une personne dans toute sa bêtise qui n’a pas
    cherché à prévoir les mauvais effets pourrait être très dangereux. Il
    faut de l’éthique. Sinon pour la blague: à votre avis, pour reprendre
    vos termes, c’est en crisperisant un T-Rex qu’ils ont crée l’Indominus
    Rex? D’ailleurs le film (très moyen) peut effrayer des OGM. A bon entendeur

  • Gotfried

    C’est un ami qui m’as parlé de podcastscience, et c’est le premier que j’écoute, étant, en amateur, très intéressé par la mécanique du vivant et l’évolution. Ce podcast est extrêmement instructif et intéressant, et aussi accessible même sans être spécialiste (j’ai un bac S, et quelques recherches personnelles sur internet à mon actif, mais guère plus).

    Ce n’est pas sans une pointe de fierté que j’ai entendu qu’il fallait au moins partiellement réhabiliter Lamarck, puisque déjà lycéen, ayant admis que l’évolution fonctionne “en premier lieu” par mutations aléatoires + sélection naturelle, je m’étais dit qu’il était probable, et même très possible, que soit apparu aléatoirement un système de transmissions de caractères acquis, qui fournirait un avantage évolutif très significatif aux organismes qui en seraient porteurs. Au final, ce n’est jamais qu’un processus chimique, dont la complexité globale est tout de même bien plus faible et la probabilité a priori bien plus forte que celle de la mise en place et de l’organisation d’une aile fonctionnelle, d’un oeil de rapace, d’un cerveau humain (ou d’une “mâchoire” de Dionée, qui m’a toujours impressionné).

    Au chapitre de l’éthique, je suis tout de même extrêmement étonné de votre candeur. Vous n’avez même pas évoquez les possibilités prodigieuses que pourrait avoir le CIRSPR CAS en tant… qu’arme! Ce n’est pas comme s’il y avait eu la poudre noire, le Zyklon B, la bombe atomique, l’Agent Orange (dont les effets secondaires, certes, n’étaient pas recherchés au départ), le Napalm, et des tests du LSD en tant que drogue de combat et d’interrogatoire. La science a toujours donné aux militaires à faire mu-muse malgré elle (ou avec sa participation active dans le cas du projet Manhattan). Avec le CRISPR CAS, on pourrait concocter des armes efficaces à moyen et long terme, et complètement indétectables.

    La simple possibilité de déclencher un cancer est une arme fabuleuse. Un vecteur simple, comme un virus à transmission cutanée à durée de vie limitée, pourrait décimer un gouvernement hostile en quelques mois, par simple transmission par poignée de main! Cependant, avancer cette explication serait immédiatement et nécessairement taxé de théorie du complot. Même une enquête partant de cette hypothèse ne donnerait aucun résultat probant, et ne permettrait certainement pas de désigner un coupable. J’envisage aussi les prodigieuses possibilités qu’offre cette technologie en matière de nettoyage ethnique : si la fertilité de telle ou telle population baisse, hein, c’est la faute à pas de chance, n’est-ce pas?

    En dehors de ce genre de malveillance brutale et assumée, le cas de ce post-doctorat qui a créé un virus aérien mutagène interroge profondément sur le contrôle à imposer à la recherche scientifique. Je ne parle pas de légiférer, je parle de contrôler. Le meurtre est interdit depuis bien longtemps, mais c’est seulement la police et la justice qui permettent réellement de le réprimer. Quand on parle d’énergie nucléaire, on a tous en tête les images de Hiroshima rasée par la puissance atomique, de ces vidéos de tests de l’armée américaine, de l’explosion du réacteur de Tchernobyl, et plus récemment du drame encore très sous-estimé et sous-médiatisé à la limite de la censure de ce qui s’est passé à Fukushima. Et pourtant un réacteur ou une bombe atomique, ça ne se bricole pas avec trois tubes à essais et un microscope.

    Les labos à qui cette technologie semble accessible doivent se compter de dizaines de milliers. Et dans chaque labo, il y a la possibilité qu’un inconscient conçoive et laisse échapper par négligence ou maladresse un agent susceptible de causer des millions de morts, de perturber durablement l’écosystème planétaire, ou tout au moins la partie relative à l’alimentation humaine, etc… C’est vrai que c’est un diagnostic très alarmiste, mais la politique c’est souvent de parer au pire. Et quand à la simple inconscience, négligence ou maladresse on rajoute le besoin de profit en environnement économique globalisé et ultra-concurrentiel, adossé à un monde financier devenu fou, qui trade à la milliseconde, on a réuni tous les ingrédients pour une catastrophe majeure et irrécupérable.

    A mon sens, il faut sanctuariser la recherche. Mais pas simplement par des discours et des mesurettes. Non: réellement l’extraire de toute logique économique, c’est une absolue nécessité, mais aussi, en contrepartie, la soumettre perpétuellement à l’examen et à la surveillance démocratique (non pas des représentants, mais du peuple), avec capacité de sanction et de récompense non pas au chiffre d’affaire généré, mais au bénéfice à long terme retiré par l’humanité. Les pompiers sauvent des vies chaque jour, pour une rémunération ridiculement basse au regards des risques auxquels ils s’exposent. Le même genre d’attitude de dévouement et d’abnégation devrait être favorisé et encouragé dans la recherche (et ce genre d’attitude, socialement hautement désirable, devrait être rémunéré à la hauteur du bienfait apporté à la société).

    La notion d’éthique est complètement dépassée et obsolète. A la limite, l’assassinat est potentiellement moins dangereux qu’un raté dans un labo, les tueurs restant une très infime minorité de la population, et peuvent être stoppé par les armes en ultime recours, alors qu’une pandémie mondiale foudroyante devient maintenant un risque réel. Et pourtant, on se repose essentiellement sur l’auto-contrôle, la conscience professionnelle, et l’observation spontanée des lois. Ca ne me semble pas raisonnable, mais alors pas raisonnable du tout!

  • Vran

    @ Gwodry: De manière intuitive, on serait tenté d’interpréter la présence de CRISPR/Cas chez les bactéries et les archées comme un signe que le système a émergé avant la divergence entre ces deux groupes. Une analyse plus précise au sein des différents groupes bactériens et archéens pourrait ensuite nous en apprendre plus sur l’histoire évolutive de CRISPR, son maintient et sa diversification dans certaines lignées et sa disparition dans d’autres. Cette approche est très tentante et fonctionnerait probablement si on étudiait des caractères présents chez des eucaryotes. Malheureusement elle est peu adaptée aux bactéries et aux archées en raison du phénomène de transfert génétique horizontal. Les analyses phylogénétiques reposent sur l’idée que les caractères se transmettent de manière verticale, c’est à dire des parents à leur descendance. En comparant la présence et l’absence d’un caractère dans différentes lignées et en connaissant les relations de parenté entre ces lignées on peut donc déduire l’histoire évolutive du caractère. Cependant, les archées et les bactéries sont capables d’échanger du matériel génétique non seulement avec leur descendance mais aussi avec d’autres individus. Pire encore, ces échanges peuvent se produire entre des souches parfois éloignées en termes de parenté. Ce phénomène rend donc très difficile les analyses phylogénétiques car on doit faire avec une sorte de “mélange des cartes” permanent. Imaginons que les gènes soient des cartes de jeu, les lignées bactériennes des joueurs, et chaque tour de jeu une génération qui passe. Si à chaque tour de jeu les joueurs piochent une carte (acquièrent un nouveau gène) ou en posent une (perdent un gène), on peut reconstituer la main de départ de chaque joueur en regardant les cartes qu’ils possèdent en fin de partie et celles qu’ils ont déposé en cours de jeu. Maintenant si à chaque tour de jeu un nombre indéterminé de joueurs échange une ou plusieurs cartes (cachées) avec d’autres, on ne peut plus rien déterminer. Pour revenir aux archées et bactéries, il est souvent impossible de savoir si un gène a été hérité des ancêtres ou s’il a été reçu d’une autre souche par transfert horizontal. Mais ça n’empêche pas les chercheurs d’essayer d’identifier des traces de transfert et de reconstituer des histoire très complexes. Pour CRISPR/Cas il est simplement trop tôt pour pouvoir conclure. J’espère avoir répondu à la question. Et désolé pour le retard.

  • Gwodry

    Bonjour et merci pour ta réponse.
    J’ai un peu trop facilement tendance à penser toute la génétique dans un contexte mendélien, trace d’une formation dans le domaine de la santé, et particulièrement en génétique humaine. Je raisonne spontanément dans un cadre de transfert vertical, oubliant les autres modes comme tu le fais remarquer. Merci pour m’avoir remis les idées en place.
    Cordialement,
    Gwodry

  • Nodus Wow

    Très intéressant merci. Il faut en effet lancer le débat.
    Supprimer une espèce a un impact sur la biodiversité même si on ne le connaît pas on sait qu’il existe cela suffit à ne pas vouloir le faire.

    Cette nouvelle technologie semble trop simple à mettre en œuvre et trop peu cher. Un trop grand nombre de personnes pourra l’exploiter sans pour autant se limiter aux lois étiques qui pourraient être votées.
    Cela revient à inventer la possibilité de fabriquer des bombes atomiques pour pas cher et sans difficulté. Le premier terroriste venu sauterait sur l’occasion pour rayer NY ou Paris de la carte.
    On ne peut faire confiance en l’être humain sur ce genre d’usage.

    Par ailleurs, si au final cette technologie sert (pour ceux qui respecteront l’étique) à augmenter l’espérance de vie encore davantage cela n’a pas d’intérêt. Nous sommes déjà trop nombreux pour notre planète. Ce n’est pas politiquement correct d’écrire cela mais c’est un fait.
    Dommage pour les généticiens qui veulent s’amuser à faire des mutants.

    “La science a fait de nous des dieux avant même que nous méritions d’être des hommes.”
    Jean Rostand